Paolo Marzoni nasce a Fermo nel 1961, vive a Bologna. Inizia la sua carriera come montatore di live e videoclip musicali di famosi cantanti italiani: Jovanotti, Dalla, Vasco Rossi, Carboni, Bersani, Pausini, Pelu, Litfiba, PFM. Ad oggi ha all'attivo oltre cento videoclip, tra cui Penso Positivo di Jovanotti, primo video premiato agli European Awards nel 1994, e L'ombelico del mondo, consacrato all'MTV World del 1996, entrambi per la regia di Ambrogio Lo Giudice.
Nel 1998 approda al cinema e monta il suo primo film E allora mambo di L. Pellegrini, prodotto da ITC Movie, cui segue Tandem, sempre per la regia di L. Pellegrini e diversi altri sempre per ITC Movie. Nel 2004 lavora nel film Ogni volta che te ne vai di Davide Cocchi, prodotto da Fandango. Nel 2006 firma il final cut de Il vento fa il suo giro, esordio cinematografico di G. Diritti. Nel 2010 e candidato ai David di Donatello, ai Nastri d'Argento e al Ciak d'Oro come miglior montaggio per il film L'uomo che verra di Giorgio Diritti.
Negli ultimi dieci anni monta numerosi tra documentari e cortometraggi, tra cui il film documentario L'uomo che sconfisse il boogie - le straordinarie avventure di Secondo Casadei di Davide Cocchi e il corto Jody delle giostre di A. Sforzi, vincitore nel 2011 del David di Donatello come miglior cortometraggio, e il documentario Il valzer dello zecchino - Viaggio in Italia in tre tempi di Vito Palmieri, prodotto da Maxman Coop e premiato come miglior film al Festival del Cinema Italiano di Annecy. Nel 2013 collabora con Palmieri come supervisore al montaggio del corto Matilde, prodotto da Maxman Coop e selezionato al Festival Internazionale di Berlino 2013 (sezione Generation Kplus) e vincitore del Toronto Film Festival Kids.
Nel 2014 cura la regia del doc La neve nera di Oslo - Luigi Di Ruscio un italiano all'inferno selezionato al Biografilm Festival 2014. Nello stesso anno monta il doc di A. Sforzi L'equilibrio del cucchiaino - Alberto Sforzi il re dei giocolieri, il doc di M. Piccinini La mia casa e i miei coinquilini - il lungo viaggio di Joyce Lussu e il doc Uomini proibiti di A. Fiore.
Nel 2015 monta i film L'aria di Gjakova del regista albanese Gjergj Xhuvanie e See you in texas di Palmieri che vince il Gran Premio della giuria al Festival internazionale di Shanghai 2016 e il premio del pubblico al Biografilm Italia 2016 e il primo premio al l'International Film festival Mannheim-Heidelberg.. Nel 2016 monta il documentario Piu libero di prima del regista A. Sforzi e il film Nobili bugie di Antonio Pisu.
Nel 2017 il film Gli asteroidi di G. Maccioni produzione ArtiColture e con il film documentario Ma l'amore c'entra? Di Betta Lodoli scritto da Federica Iacobelli. Nel 2018 ha lavorato a diversi corti tra cui La nonna di Daniele Balboni e al documentario per i 400 anni della morte di Ludovico Carracci Carracci - La rivoluzione silenziosa diretto da Giulia Giapponesi prodotto da Codalunga e ha diretto insieme a Vito Palmieri e Mariagrazia Contini il documentario Non piu non ancora - ritratti preadolescenti. Ha prodotto per Maxman Coop e montato il corto Il fagotto di Giulia Giapponesi, Lasciami andare di Roberto Carta, entrambi in fase di post produzione. Sta montando il film Il giovane Pertini di Assanti produzione Genoma Film e il corto di Gianluca Zonta Pizza boy produzione COMBO.