Jacques Simonet è nato a Parigi nel 1941, figlio di un regista della Comèdie Française e di un'attrice. Entra nel mondo dello spettacolo con il nome della madre ancora studente e mentre frequenta corsi di recitazione interpreta a 16 anni il suo primo film, La peau de l'ours diretto nel 1957 da Claude Boissol.
Due anni dopo esordisce anche in teatro con L'année du bac di J.A. Lacouer.
Perrin è molto legato al cinema italiano: indimenticabile la sua interpretazione di Lorenzo nel film di Valerio Zurlini La ragazza con la valigia al fianco di Claudia Cardinale (1961), e quella del giovane fratello di Marcello Mastroianni in Cronaca familiare (1962), sempre di Zurlini. Della sua ampia filmografia vanno inoltre segnalati Un uomo a metà di Vittorio De Seta (1966), Zeta, l'orgia del potere di Costa Gavras (Oscar per il miglior film straniero nel 1968), Il deserto dei tartari di Valerio Zurlini (1976), l'altro Oscar Nuovo Cinema Paradiso di Giuseppe Tornatore (1988), In nome del popolo sovrano di Luigi Magni (1990) e La corsa dell'innocente di C. Carlei.
Perrin negli ultimi anni ha svolto anche attività di produzione, prima di documentari poi di lungometraggi, lavorando con Roman Polanski, Joseph Losey, Alain Corneau e Yves Boisset, e ha anche diretto con grande successo i documentari Il popolo migratore (2002) e La vita negli oceani (2009).

Jaques Perrin muore a Parigi il 21 aprile 2022 all'età di 80 anni.