Marco Risi è nato a Milano il 4 giugno del 1951 ed è il figlio del celebre regista Dino Risi, autore di alcuni dei capolavori storici della commedia all'italiana come ad esempio Il sorpasso con Vittorio Gassman. Si iscrive alla facoltà di filosofia ma abbandona subito gli studi per seguire le orme del padre e dedicarsi alla regia. Esordì nel cinema come assistente dello zio Nelo Risi, anch'egli regista nel film Una stagione all'inferno; sarà assistente alla regia anche di alcune pellicole di Duccio Tessari. Continuò scrivendo sceneggiature per i film diretti dal padre (alcune scritte in collaborazione), tra cui Caro papà del 1979 e Sono fotogenico dell'anno successivo. Nel 1978 aveva intanto realizzato in proprio un documentario per la televisione sul cinema americano dal titolo Appunti su Hollywood.
Nel 1982 esordisce dietro la macchina da presa con la commedia Vado a vivere da solo. Giacomino, ventiseienne studente fuoricorso, decide di farsi regalare dai genitori per il suo compleanno i soldi per andare a vivere da solo. Trova una malconcia mansarda in un palazzo senza ascensore e comincia la sua vita da scapolo pieno di speranze, immediatamente frustrate dall'invadente signor Giuseppe, suo ex vicino di casa cacciato dalla moglie. Tra loro si insinua Françoise, una bella francese alla ricerca dell'uomo giusto. Ovviamente Gioacchino si innamorerà di lei. Interpretato da Jerry Calà, Vado a vivere da solo è una pellicola semplice e neanche troppo divertente, tutta basata sulla verve di un comico specializzatosi nel ruolo dell'eterno giovanotto. I due film successivi, Un ragazzo e una ragazza e Colpo di fulmine vedranno sempre lo stesso Calà nei panni del protagonista ma non si staccano dal cliché inaugurato con Vado a vivere da solo, quella commedia sul mondo dei trentenni in crisi esistenziale che rappresenta una sorta di antipasto per il cinema impegnato cui Risi inizierà a mirare a partire dal 1987. Nel frattempo nel 1985 debutta come regista teatrale al Festival di Spoleto con Il sassofono tratto da Patrick Süskind.
Con Soldati - 365 giorni all'alba, opera fortemente critica verso le forzature della vita di caserma, Marco Risi si è allontanato dalla commedia giovanile per virare decisamente verso un cinema più realistico e drammatico. Con Massimo Dapporto e Claudio Amendola offre una cruda rappresentazione del servizio di leva in Italia; per la realizzazione cura molto la narrativa, gli ambienti e le psicologie dei personaggi: il risultato denota un'importante e matura svolta. La storia è ambientata in una caserma che riunisce per il servizio militare vari giovani diversi tra loro per carattere, modi di vivere ed estrazione sociale. A prendere di mira le reclute sono prima gli anziani (il nonnismo), poi il tenente Fili che mostra particolare antipatia per il romano Scanna. L'ufficiale sfoga sul soldato la sua insoddisfazione esistenziale, la delusione per una mancata promozione, la morbosa gelosia per moglie Anna. Fedele a questo nuovo tipo di impegno cinematografico e avvicinandosi alla rabbia e al disagio giovanile, gira due film interpretati da un gruppo di ragazzi palermitani non professionisti: Mery per sempre del 1989 e Ragazzi fuori del 1990. Mery per sempre è una storia corale in cui il professor Marco Terzi, in attesa di una sistemazione definitiva presso un liceo siciliano, accetta l'incarico di insegnare nel carcere minorile Malaspina di Palermo. Spesso osteggiato dalla direzione e inviso alle guardie, Terzi tenta di insegnare qualcosa a un gruppo di ragazzi problematici e violenti. Ragazzi fuori sarà la naturale prosecuzione di Mery per sempre, coi ragazzi del carcere di Malaspina alle prese con la vita di tutti i giorni e con un difficile e spesso impossibile tentativo di condurre un'esistenza 'normale'. Due strani oggetti all'interno del panorama del cinema italiano di quegli anni.
Alcuni critici hanno coniato l'espressione neo-neorealismo per queste due pellicole in cui gli attori sono quasi tutti presi dalla strada, parlano un dialetto palermitano stretto, spesso difficile da capire ma comunque vero e le crudezze e le violenze vengono mostrate senza nessuna voglia di edulcorarle. La bravura del regista consiste nel proporre situazioni anche di per sé scabrose e momenti assai pesanti con allusioni e tocchi misurati che in alcune occasioni sfiorano il lirismo. Mery per sempre vincerà il Gran Premio Speciale della Giuria al Festival di Montreal, l'Efebo d'Oro e il Premio Giuseppe Fava del Sindacato dei giornalisti, l'anno successivo invece Ragazzi fuori vincerà il premio Osella per la migliore fotografia al Festival di Venezia, il David di Donatello per la miglior regia e il Ciak d'Oro per l'interpretazione di tutto il cast composto dai ragazzi siciliani. Tutti riconoscimenti che aiuteranno Risi a conquistarsi una sua statura da autore non solo in Italia ma anche a livello internazionale. Nel 1991 porta al cinema la sua denuncia contro il sistema giudiziario italiano con la regia di Muro di gomma, un film-inchiesta presentato in concorso al Festival di Venezia in cui ricostruisce la tragedia di Ustica. Fonda nello stesso anno con Maurizio Tedesco la società di produzione Sorpasso Film (un nome che è un chiaro omaggio al capolavoro del padre) con la quale nel 1992 produce il film Mille bolle blu di Leone Pompucci, premiato al Festival del Cinema di Venezia e di Stoccolma e nel 1994 produce Le buttane di Aurelio Grimaldi.
Dopo la parentesi comica di Nel continente nero con Diego Abatantuono, porta nuovamente l'attenzione sui temi sociali e sull'attualità più scomoda con Il branco, pellicola del 1994 sulla vicenda dello stupro di due turiste tedesche compiuto da un gruppo di adolescenti della provincia romana. Un film erudissimo e sgradevole che ha suscitato moltissime polemiche per la rappresentazione compiaciuta di una violenza tanto gratuita quanto insopportabile. Per Risi è comunque un altro tassello nel suo personale viaggio attraverso i problemi del Belpaese. Viaggio che prosegue nel 1996 col documentario dedicato allo sfruttamento del lavoro minorile Bambini al lavoro.
Nel 1998 porta sul grande schermo un racconto di Niccolò Ammaniti contenuto nella raccolta Fango: L'ultimo capodanno. Il tentativo di tradurre in immagini l'universo pulp dello scrittore romano risulta piuttosto fallimentare:tutto procede per accumulazione facendo così perdere il senso complessivo dell'opera. Il film fu un tale insuccesso di pubblico che fu ritirato dalle sale dopo una sola settimana di programmazione per essere riproposto un anno dopo accorciato di sette minuti e rimontato in modo da aumentare il numero di scene comiche a discapito di quelle grottesche. Sfortunatamente l'esito fu sempre lo stesso. Tre anni dopo, nel 2001, Risi torna dietro la macchina da presa per realizzare Tre mogli, riuscita commistione di generi che riporta la commedia agli italiani ai fasti che il padre Dino aveva contribuito a creare. Situata in un territorio di mezzo fra la commedia agrodolce al femminile e il road-movie, la pellicola è interpretata da Iaia Forte, Francesca D'Aloja (nella vita reale moglie del regista) e Silke, tre attrici che danno vita a tre personalità femminili forse solo un po' troppo stereotipate ma comunque accattivanti. Beatrice è la sofisticata, algida e antipatica donna dell'alta borghesia, Bianca la buffa casalinga frustrata e Billie la giovane borgatara trasgressiva: insieme si troveranno nel cuore dell'Argentina all'inseguimento dei rispettivi consorti, autori di un furto miliardario nella banca in cui lavoravano.
Nel 2007, grazie a una coproduzione tra Spagna e Argentina, realizza il film biografico Maradona - La mano de dios. Un coraggioso melodramma che grazie all'interpretazione dell'italo-australiano Marco Leonardi ripercorre la vita movimentata del 'Pibe de oro' Diego Armando Maradona, dalla nascita in una borgata di Buenos Aires, al trionfo Mondiale, dal Barcellona al San Paolo di Napoli, fino alla caduta nella droga. Il regista racconta con passione ed empatia una vita sempre al massimo e sul filo del rasoio; lo stesso regista parla del suo rapporto col 'personaggio' Maradona: "Ho visto Maradona una volta sola, a casa di Salvatore Bagni a Cesenatico e siamo stati sei ore senza parlare del film; a un certo punto mi ha detto '...se per mia moglie è ok allora è ok', ma soprattutto mi ha detto '... se fossi vestito di bianco e mi arrivasse una palla sporca di fango non esiterei a stopparla di petto e cominciare a palleggiarla...". Questo è lo spirito del personaggio che il film cerca di restituire, un personaggio che ha quasi dovuto scontare tutto il suo immenso calcistico in una vita che, suo malgrado, era già un film ancor prima che la pellicola venisse realizzata.