La seconda stagione del Tredicesimo Apostolo riparte da dove tutto era rimasto in sospeso: Gabriel (Claudio Gioe') è davvero l'Eletto che rovescerà la chiesa o riuscirà a cambiare il suo destino? Serventi (Tommaso Ragno) e l'organizzazione del Candelaio sembrano sconfitti ma in realtà c'è ancora molto da scoprire per riuscire a fermarli e a capire i motivi della loro lotta che, fin da subito, si dimostra ancora più minacciosa e pericolosa.
Gabriel ha rinunciato alla storia con Claudia (Claudia Pandolfi) ma non ha smesso di amarla, non può cambiare i suoi sentimenti.
Claudia è lontana, sta cercando di rifarsi una vita, sa che l'amore per Gabriel è impossibile da realizzare eppure è proprio quell'amore che può salvare entrambi. In un modo che nessuno di loro può ancora immaginare.
E intanto, all'oscuro della Chiesa e della Congregazione guidata da Isaia (Stefano Pesce), un altro nemico viene alla luce, un nemico legato a doppio filo con Gabriel, con il suo passato, con quello che Gabriel rappresenta, con quello che Gabriel sta per diventare.
