Il suo nome d'arte deriva dall'ossimoro tra Marilyn Monroe e Charles Manson, due nomi di uguale notorietà che rappresentano rispettivamente la bellezza e la crudeltà.
Ha fondato il gruppo musicale che porta il suo nome nel 1989: ottenuta l'attenzione di Trent Reznor dei Nine Inch Nails, i Marilyn Manson (inizialmente Marilyn Manson & the Spooky Kids) riuscirono a debuttare con l'album "Portrait of an American Family" (1994).
Ma il successo a livello mondiale avvenne con "Smells Like Children", grazie alla cover "Sweet Dreams (Are Made Of This)" degli Eurythmics. Così il leader della band Marilyn Manson diventò una delle più controverse icone rock degli anni '90, a causa della sua immagine e delle sue idee oltraggiose.
Passato negli ultimi anni per fidanzate celebri come Rose McGowan (Streghe, A prova di morte), la paladina del burlesque Dita Von Teese (sua ex moglie) e l'attuale compagna Evan Rachel Wood, Marilyn Manson si è interessato anche alla cinematografia. È stato un attore porno in Strade perdute di Lynch, è comparso in Ingannevole è il cuore più di ogni cosa di Asia Argento e ne La setta delle tenebre di Gutierrez, ha espresso le sue opinioni sull'uso delle armi da fuoco negli Stati Uniti in Bowling a Colombine, e al momento sta preparando il suo primo film come regista Phantasmagoria: The Visions of Lewis Carroll, un horror/fantasy (in cui recita anche la Wood) che narra, romanzando, la vita e le idee visionarie di Lewis Carroll, autore di "Alice nel Paese delle Meraviglie".