È un affermato regista, produttore e attore più volte nominato agli Emmy Award, che ha anche ottime credenziali come imprenditore e benefattore. Anche se è conosciuto dal pubblico di tutto il mondo soprattutto per il ruolo del postino Cliff Clavin in Cin Cin (Cheers), che gli è valso due candidature agli Emmy, Ratzenberger è l'unico attore a poter vantare di aver partecipato a tutti i film della Disney-Pixar. Peraltro, i suoi personaggi sono stati memorabili: l'affascinante e sagace porcellino salvadanaio Hamm in Toy Story - Il mondo dei giocattoli (Toy Story), ruolo ripreso poi in Toy Story 2 - Woody e Buzz alla riscossa (Toy Story 2) e nell'imminente Toy Story 3; P.T. Flea in A Bug's Life - Megaminimondo (A Bug's Life); Yeti, il mostro delle nevi in Monsters & Co. (Monsters, Inc.); un pesce luna in Alla ricerca di Nemo (Finding Nemo), un personaggio filosofico, Underminer, ne Gli incredibili (Incredibles); un Mac-truck in Cars - Motori ruggenti (Cars); Mustafa, il responsabile dei camerieri in Ratatouille; e John, un essere umano che vive nella navicella spaziale Axiom in WALL-E.
Un ex carpentiere, un istruttore di tiro con l'arco, un componente di un circo e un marinaio sulle navi che pescano ostriche, Ratzenberger è cresciuto a Bridgeport, in Connecticut. Laureato in letteratura inglese alla Sacred Heart University, dopo la fine degli studi ha interpretato diversi monologhi e diretto alcuni spettacoli. Ha passato un decennio in Inghilterra come cofondatore del duo di improvvisazione Sal's Meat Market, ottenendo grandi consensi in Europa e una borsa di studio da parte del British Arts Council. All'inizio della sua carriera, è apparso in più di venti film, tra cui Quell'ultimo ponte (A Bridge Too Far), Superman, Gandhi e L'impero colpisce ancora (Star Wars: The Empire Strikes Back). Ratzenberger ha anche partecipato alla serie della Granada TV Small World, mentre si è fatto le ossa come produttore e sceneggiatore per la BBC, la Granada TV e diverse compagnie teatrali prestigiose.
Nel 1982, Ratzenberger ha fatto un provino per un ruolo in Cin cin (Cheers), suggerendo ai creatori di aggiungere un saputello membro regolare del bar. E' così che è nato il personaggio di Cliff Clavin e quindi la squadra degli sceneggiatori di Cin cin ha riscritto il pilota per inserirlo. Durante le undici stagioni del telefilm, Ratzenberger ha improvvisato molte delle sue battute, contribuendo a fornire originalità e popolarità ad una serie che ha conquistato 28 Emmy Award. Cin cin è ancora trasmesso in tutto il mondo e Cliff Clavin rimane uno dei personaggi televisivi più amati.
Ratzenberger ha ripreso il ruolo di Cliff Clavin in Frasier, lavorando anche a I Simpson (The Simpsons), Blossom, Wings, A cuore aperto (St. Elsewhere) e a otto speciali della NBC. Questo fantastico caratterista è anche apparso in 8 semplici regole... per uscire con mia figlia (8 Simple rules), That '70s Show, Sabrina - vita da strega (Sabrina the Teenage Witch), Murphy Brown, The Love Boat, Magnum P.I. e Hill Street giorno e notte (Hill Street Blues). Tra i numerosi film per la televisione a cui ha partecipato, figurano The Pennsylvania Miners Story per la ABC, A Fare To Remember, Remember Wenn, The Good Soldier del PBS Masterpiece Theater, Song of a Sourdough della BBC e Detectives. Il grande successo di Ratzenberger nell'animazione sul grande schermo è stato ripetuto anche in televisione, grazie alla prolungata serie della TBS Captain Planet and the Planeteers e a The New Adventures of Captain Planet. Recentemente, è stato un beniamino del pubblico nel fortunato show della ABC Dancing With The Stars, la versione americana di Ballando con le stelle.
Ratzenberger sta attualmente girando i festival cinematografici per promuovere The Village Barbershop, vincitore del premio del pubblico al Cinequest Festival. E' impegnato anche nella quinta stagione della sua popolare serie per il Travel Channel John Ratzenberger's Made in America, che ha creato nel 2004 per mostrare dei prodotti realizzati in America, una causa che lo ha visto molto impegnato. L'organizzazione no profit di Ratzenberger, la Nuts, Bolts, and Thingamajigs Foundation, ha l'obiettivo di ridare fiducia e dignità alle arti manuali ed industriali, così come di ispirare la prossima generazione di artigiani, ingegneri, riparatori e manovali americani.