Tanto sensibile e attraente quanto schivo e riservato, il dolce Freddie Prinze Jr. deve la sua introversione alla mancanza della figura paterna. Figlio unico di Freddie Prinze, popolare conduttore televisivo, e di Katherine Elaine Cochran, agente immobiliare, l'attore - dopo il divorzio dei genitori, avvenuto quando aveva solamente dieci mesi - perde il papà, toltosi la vita mediante una dose letale di antidepressivi.
Il bambino cresce con la madre ad Albuquerque nel New Mexico, dove frequenta La Cueva High School. Giovanotto timido e taciturno, l'adolescente trova il suo rifugio personale nell'immaginifico mondo dei fumetti e, non molto tardi, anche nella recitazione che decide di studiare presso il Children's Theatre and the Duo Drama Company. Racimola un po' di denaro lavorando come burattinaio negli asili nido, poi, conseguito il diploma nel 1994, il ragazzo torna nella città natale per tentare di sfondare a Hollywood. Due anni dopo ottiene un ingaggio nel malinconico lungometraggio A Gillian per Il suo Compleanno. Nel 1997, Freddie è intento a sedurre l'affascinate Tori Spelling in La casa del si ma anche a sfuggire a una terribile sorte in So cosa hai fatto, al fianco della futura mogliettina Sarah Michelle Gellar, sposata il primo settembre del 2002.
Grazie al vendicativo teen-horror di impronta craveniana (la pellicola calca la fama del sanguinoso Scream), questo bellissimo fanciullo viene imbrattato da uno zampillante successo. Girato il perseguitante sequel - Incubo Finale - della pellicola firmata Jim Gillespie, il divo tinge la sua filmografia di rosa e, nel 1999, farà perdere la testa ad una collegiale Rachael Leigh Cook nel romantico Kiss Me. Nei dodici mesi successivi viene scritturato nelle love comedy Pazzo di te! e Boys and Girls - Attenzione: il sesso cambia tutto. In seguito, la star ruba le attenzioni di Monica Potter in Top model per caso e veste i panni del super-fighetto Fred Jones nei due capitoli delle avventure canine di Scooby-Doo. Il 2007 lo vede impegnato in numerose opere quali il dramma Brooklyn Rules, il rockeggiante New York City Serenade, il romance Jack and Jill vs. the World, nonché il thriller Manslaughter.
Ha ereditato dal padre sangue portoricano-ungherese, mentre mamma gli ha trasmesso le sue origini anglo-irlandesi e nativo-americane. L'artista, che nei primi anni '90 è stato legato alla brunetta Kimberly McCullough, adora nuotare e ballare il tip tap.