Di recente è stato il protagonista della dark comedy Death at a Funeral, diretto da Frank Oz e co-interpretato da Rupert Graves. In precedenza ha girato Incendiary, con Michelle Williams e Ewan McGregor, un dramma contemporaneo sulle conseguenze emotive e psicologiche di un attentato kamikaze a Londra.
Lo scorso anno Macfadyen è tornato a calcare le scene con The Pain and the Itch al Royal Court Theatre, diretto da Dominic Cooke. In televisione è apparso nel film drammatico di Channel 4 Secret Life in cui ha ricevuto ottime critiche per il ruolo di un pedofilo che deve reintegrarsi nella società dopo una lunga carcerazione.

Nel 2005 Macfadyen ha ottenuto consensi da parte della crtica per il ruolo protagonista di Mr. Darcy nell'adattamento di Joe Wright - che gli è valso una nomination all'Oscar® - del classico della letteratura inglese Pride & Prejudice. Il film della Working Title presentava inoltre Keira Knightley, Brenda Blethyn e Donald Sutherland. Quello stesso anno è stato nominato come Migliore Attore ai British Independent Film Awards per il ruolo di un disilluso giornalista di guerra in In My Father's Den, diretto da Brad McGann.
Altri film di Macfadyen comprendono Middletown, con Daniel Mays ed Eva Birthistle; The Reckoning con Tom Hardy; Enigma di Michael Apted, con Kate Winslet e Tom Hollander; e Maybe Baby diretto da Ben Elton.
Macfadyen è noto al pubblico televisivo inglese per aver interpretato il ruolo di Tom nella seconda serie di Spooks, al fianco di David Oyelowo. Ha inoltre recitato il ruolo di Paul Tibbenham in The Project diretto da Peter Kosminsky, e quello di Sir Felix Carbury in The Way We Live Now per la regia di David Yates. Altri credit televisivi inglesi comprendono Perfect Strangers, Bloodline, Warriors e Wuthering Heights.
Macfadyen è apparso in alcune prestigiose produzioni teatrali, fra cui: Henry IV Parts 1 & 2, Battle Royal per il National Theatre/Royal Shakespeare Company a Stratford; The School for Scandal al Barbican; Much Ado About Nothing alla West End; The Duchess of Malfi sia nella West End che a Broadway; A Midsummer Night's Dream al RSC.