Alastair Fothergill ha studiato alle università di St. Andrew's e Durham. E' entrato nella Natural History Unit della BBC nel 1983. Ha lavorato a un'ampia gamma di programmi del dipartimento, tra cui i vincitori del BAFTA The Really Wild Show, Wildlife on One e l'innovativo Reefwatch, in cui ha fatto parte della squadra che ha sviluppato le trasmissioni subacquee in diretta.
Nel 1993, ha prodotto Life in the Freezer, una serie in sei parti per la BBC1 che celebrava la vita selvaggia in Antartico, presentata da Sir David Attenborough. Mentre stava ancora lavorando alle serie, è stato nominato responsabile della Natural History Unit della BBC nel novembre del 1992.
Nel giugno del 1998 ha abbandonato questo compito per concentrarsi sul suo ruolo di regista della pellicola Profondo blu (Deep Blue), che parlava della storia naturale degli oceani nel mondo e che ha ottenuto un grande successo di critica e di pubblico per la sua sensazionale fotografia. Profondo blu ha permesso di rinnovare l'interesse nel mondo per il genere dei documentari.