La Guerra di un Anno sta per finire, le forze di Zion si ritraggono nello spazio. Amuro impara nuove abilità del suo Newtype e cerca di usarle al meglio delle sue capacità. Viene spinto ai limiti quando incontra ancora una volta il famigerato Char Aznable Inoltre si innamora di una donna misteriosa chiamata Lalah Sune, che conosce il pieno potenziale delle abilità del Newtype.
La grande battaglia sta per cominciare, e molti cari cadono per colpa della guerra. Riuscirà la Federazione Terrestre a sconfiggere il Principato di Zion? Riuscirà Char a dimostrare che il suo Newtype è meglio di quello di Amuro?
