I due fratelli Edward e Al Elric, dopo l'improvvisa morte della madre, rimangono soli al mondo. Ma Ed non si arrende e propone ad Al una cosa proibita: riportarla in vita con l'alchimia. La trasmutazione non va come previsto e i due pagano un caro prezzo: Al perde l'intero corpo, ma la sua anima viene legata a un'armatura, permettendogli di rimanere in questo mondo; mentre a Ed vengono strappati un braccio e una gamba. Dopo che gli arti mancanti di Edward sono stati ricostruiti con protesi di metallo, i due fratelli iniziano un viaggio che li porterà alla ricerca della Pietra Filosofale, un oggetto mitico che si dice possa rendere possibile qualsiasi cosa, perfino ridare un corpo ad Al e restituire braccio e gamba a Ed.
