È nato a Monroe, in Louisiana, me è cresciuto a Baton Rouge. È stato lì che, che frequentando il liceo artistico, è entrato per la prima volta in contatto col mondo dell'arte. Ha iniziato la sua carriera d'attore al Walt Disney World's EPCOT Center, dove si esibiva nelle improvvisazioni del teatro di strada coinvolgendo il pubblico. Avendo sviluppato un interesse nella sceneggiatura, è stato accettato nel programma per sceneggiatori della USC School of Cinema/Television, ricevendo il Robert Riskin Screenwriting Award e il Jack Nicholson Screenwriting Award. Appena terminata la scuola di cinema, ha ottenuto un posto come sceneggiatore alla Walt Disney Feature Animation, dove ha collaborato alla sceneggiatura del film Bianca e Bernie nella terra dei canguri.
Da allora in poi, ha lavorato incessantemente come sceneggiatore freelance. I suoi primi lavori comprendono i film della Walt Disney Pictures Tesoro, ci siamo ristretti anche noi, e James e la pesca gigante, e quello della New Line Il mio amico vampiro.
Nel 1997, Kirkpatrick ha intrapreso una seconda collaborazione con il produttore esecutivo di James e la pesca gigante Jake Eberts, scrivendo la sceneggiatura di Galline in fuga per la Aardman Animations e la DreamWorks SKG. Candidato al Golden Globe nel 2001 come Miglior Film, Musical o Commedia, Galline in fuga ha ricevuto le recensioni più entusiastiche del 2000. Kirkpatrick ha anche scritto la sceneggiatura de La guida galattica per autostoppisti, adattando la nota serie di Douglas Adams per la Walt Disney Pictures e la Spyglass Entertainment (maggio 2005).
Kirkpatrick vanta una durevole rapporto di collaborazione con la DreamWorks Animation, avendo contribuito alla realizzazione della sceneggiatura e agito in veste di consulente per i film Strada per l'ElDorado, Spirit - cavallo selvaggio e Madagascar. Nel maggio 2006 è uscito Oltre la siepe per la DreamWorks Animation, del quale Kirkpatrick è stato cosceneggiatore ed uno dei registi, insieme a Tim Johnson.
Recentemente, Kirkpatrick ha cosceneggiato il film tratto dal classico di E.B. White La tela di Carlotta - La fattoria delle scoperte per la Paramount Pictures/Walden Media/Nickelodeon Movie. Il film è interpretato da Dakota Fanning ed i vari personaggi sono stati doppiati da attori del calibro Julia Roberts, Robert Redford, Steve Buscemi, Oprah Winfrey, John Cleese e molti altri ancora. Kirkpatrick ha prodotto e cosceneggiato, insieme al partner Chris Poche, la commedia Flakes, ultimata a New Orleans nel gennaio del 2005 ed interpretata da Zooey Deschanel, Christopher Lloyd e Aaron Stanford.
Al momento è impegnato nella regia del film di Eddie Murphy NowhereLand per la Paramount Pictures.
Kirkpatrick risiede e lavora a Pacific Palisades, in California, con sua moglie, Nada, e i loro tre figli, Sami, Maia e Finn.