È nato ad Hamilton, nello stato dell'Ontario, in Canada, e la sua carriera di attore ha avuto inizio lavorando per la SCTV Comedy Network, ed aggiudicandosi tre premi Emmy. L'indubbia capacità di Short di trasformarsi e la serie di imitazioni proposte al pubblico ha attirato l'attenzione dei realizzatori dello show Saturday Night Live. Dopo una sola stagione, Short era già famoso per le sue performance e per le imitazioni di personaggi come Ed Grimley, Jackie Rogers Jr., il leggendario cantautore Irving Cohen e dell'avvocato Nathan Thurm. Grazie all'enorme notorietà raggiunta grazie a Saturday Night Live, si è ritrovato sulla corsia di sorpasso a Hollywood ed è rapidamente passato a recitare sul grande schermo.
Short ha debuttato nel cinema in I tre amigos, dove recitava accanto ai colleghi di Saturday Night Live Chevy Chase e Steve Martin. Negli anni ha continuato ad essere scritturato in ruoli comici per film del calibro di Salto nel buio, In fuga per tre, Ma chi me l'ha fatto fare, Mars Attacks! di Tim Burton, Da giungla a giungla eThe Big Picture , tanto per citarne alcuni. Forse uno dei suoi ruoli più acclamati è stato quello di Franck il coordinatore di matrimoni nel remake de Il padre della sposa.
Successo che ha bissato in seguito ne Il padre della sposa 2.
Non limitandosi alla recitazione, Short ha anche scritto, prodotto ed interpretato tre special comici per la televisione: Martin Short's Concert for the North Americas, per la Showtime, I Martin Short, Goes Hollywood per la NBC e The Show Formerly Known as the Martin Short Show per la NBC, che gli hanno valso rispettivamente due premi Cable Ace ed un premio Emmy. Il lavoro di Short per la televisione comprende anche il ruolo interpretato nella mini serie della NBC candidata all' Emmy Merlin, che ha fatto registrare uno degli auditel maggiori della storia della televisione. In seguito è stato uno degli interpreti dell'acclamato Alice nel paese delle meraviglie per la NBC, nei panni del Cappellaio Matto.
Veterano dei palcoscenici in Canada e a Broadway, Short ha ricevuto molti plausi, e si è aggiudicato una candidatura al premio Tony, un Theatre World Award e un Outer Critics Circle Award per la produzione di The Goodbye Girl, andata in scena a Broadway nel 1993. Nel 1999, Short ha vinto il premio Tony come Migliore Attore in un Musical per il suo lavoro nella produzione di Little Me di Neil Simon & Cy Coleman, rappresentata a Broadway.
Nell'autunno del 1999, Short ha portato il suo talento comico e musicale, la sua versatilità e la sua grande abilità nell'improvvisazione in televisione con il programma quotidiano The Martin Short Show. Il programma, un misto di intrattenimento e talk show della durata di un'ora ha ricevuto sette canidature all' Emmy, comprese quelle per il Migliore Show e per il Migliore Conduttore.
Nel 2001, Short ha ideato ed interpretato Primetime Glick per il Comedy Central. Jiminy Glick era un personaggio inventato, un 'mito di Hollywood che intervistava le celebrità' che era già apparso nel Martin Short Show. Nella sua terza ed ultima stagione, lo show ha ottenuto una candidatura al premio Emmy nella categoria Best Performer in a Musical, Comedy or Variety Show.
Nel 2003, Short è apparso in The Producers di Mel Brooks, con Jason Alexander, in scena al Pantages Theater.
Nel 2005, Short è stato interprete del film Jiminy Glick in La La Wood, che ha anche scritto.
Nell' agosto del 2006, Short è andato in scena a Broadway con la sua acclamata commedia musicale Fame Becomes Me.
La straordinaria carriera di Short è stata apprezzata in eguale misura da pubblico e critica in tutto il mondo. Nel 1994, Short ha ricevuto l'onorificenza Order of Canada (l'equivalente canadese del cavalierato britannico) per il contributo alla cultura del suo paese, ed è entrato a far parte della Canadian Walk of Fame nel giugno del 2000.