È attualmente produttore presso la Dos Tontos, una società di produzione che ha un contratto con i Fox Studios. In precedenza era stato presidente della produzione alla Mosaic Media Group e, ancora prima, aveva fondato la Penn Station Entertainment (2003) con lo sceneggiatore-produttore Dean Georgaris. Di recente Michael ha prodotto la commedia romantica Notte brava a Las Vegas, con Ashton Kutcher e Cameron Diaz, diretta da Tom Vaughan. Trai suoi film più recenti ricordiamo il thriller soprannaturale Constantine con Keanu Reeves diretto da Francis Lawrence.
È stato il co-produttore del film vincitore dell'Oscar The Departed, diretto da Martin Scorsese e interpretato da Leonardo DiCaprio, Matt Damon, Jack Nicholson e Mark Wahlberg. Michael ha prodotto anche il film per famiglie Mi sono perso il Natale diretto dal creatore di "Freaks and Geeks", Paul Feig, e interpretato da attori quali Wilmer Valderrama, il comico Lewis Black, Rob Corddry e Tyler James Williams. È stato il produttore esecutivo di Henry Poole-Lassù qualcuno ti ama con Luke Wilson e di Taking Chances scritto e diretto da Talmage Cooley e interpretato da Justin Long, Rob Corddry e Emanuelle Chriqui.
Laureatosi alla Phillips Exeter Academy e al Kenyon College, Aguilar ha iniziato la carriera nel mondo dello spettacolo vendendo biglietti per i locali e i teatri comici di Boston; successivamente ha svolto il praticantato alla RKO Pictures (L.A.), dove è diventato responsabile del parco film della società.
Successivamente è passato alla Paramount Pictures dove è stato direttore creativo e si è occupato di film quali Face/Off, A Night at the Roxbury e Event Horizon. Nei sei anni successivi Aguilar ha gestito la società di produzione fondata dal produttore Lauren Shuler Donner e dal regista Richard Donner. In quella veste ha seguito lo sviluppo della serie X-Men e del film di Oliver Stone Ogni maledetta domenica. Inoltre ha prodotto Out Cold e co-prodotto l'adattamento di Richard Donner del thriller di Michael Crichton, Timeline.