Annet Malherbe è nata nel 1957 a Rotterdam. Ha seguito la sua formazione presso l'Istituto di teatro di Amsterdam. Accanto ai suoi lavori nelle produzioni indipendenti come Het Huwelijksaanzoek di Tsjechov e Aan het Eind van de Aspergetijd di Frank Houtappels, ha recitato a Toneelgroep Baal ("Leedvermaak", "De Scheiding van Figaro", "Het Belang van Ernst"), a Orkater ("Leonce it Lena", "De Ivanovs", "Ontvangt U mij?", "Chesterfield") e al Mexicaanse De Hond ("Onnozele Kinderen", "Kleine Teun", "Adel Blank", "Welkom a Bos het", De Verschrikkelijke Moeder").
Annet Malherbe era in Abel, il primo lungometraggio di Alex van Warmerdam. Dopo di che ha recitato nella maggior parte dei suoi film: The Northerners, Il vestito, Little Tony, Grimm e The last days of Emma Blank. Ha preso parte anche a De Vuurtoren di Pieter Verhoef, e De Entourage van Emma di Frouke Fokkema.
Per la sua interpretazione in Little Tony è stata nominata all' European Film Award come miglior attrice nel 1998, e fu premiata con il Premio del Filmfest 1999 'per una performance eccezionale sul grande schermo' al Filmfest Ludwigsburg Stuttgart, nella sezione Cinema Europa. È stata nominata per un Golden Calf come migliore attrice per la sua parte in Little Tony e per il suo ruolo in Abeltje di Ben Sombogaart al Festival del cinema olandese di Utrecht nel 1999.
. È stata principalmente la sua interpretazione di Juffrouw Jannie nella serie Jiskefet che l'ha resa nota al grande pubblico. Nel 2003 ha recitato in "Een Meeuw" della Theatercompagnie.
Nel 2004 ha lavorato nell'opera "Hoe Mozart Casanova Sloeg" a Orkater. Inoltre ha preso parte alla popolare serie tv Olandese Vrouwen Gooische nel ruolo di Willemijn.