Nato a Berkely in California, dopo la separazione dei genitori cresce a Cambridge (Mass.), dove a otto anni comincia a recitare in TV. In quel periodo conosce Matt Damon di cui diventerà grande amico e col quale, dopo una serie di comparsate in film più o meno celebri, sfonderà con il pregevolissimo Will Hunting - genio ribelle (1997). La coppia vince un Oscar per la sceneggiatura del film e diventa celebre interpretando altri successivi come Dogma (1999) e Duetto a tre (1999). Affleck, oggettivamente più bello e appariscente di Matt Damon, spicca il volo da solo grazie al terribile, ma gran successo di pubblico, Armageddon - Giudizio finale (1998), dove Bruce Willis gli passa il testimone di eroe dei film d'azione. Da allora è una sequenza ininterrotta (o quasi) di successi: da Shakespeare in love (1998) a Piovuta dal cielo (1999), commedia brillante con Sandra Bullock, da Trappola criminale (2000), ultimo film di John Frankenheimer, a Bounce (2001) con Gwyneth Paltrow. La consacrazione definitiva arriva con il blockbuster estivo Pearl Harbour (2001), che, pur non raggiungendo gli obbiettivi che si era prefisso, permette al protagonista di ottenere una visibilità eccezionale. Ha poi "rubato" il posto ad Harrison Ford nel ruolo dell'agente CIA Jack Ryan in Al vertice della tensione (2002), sempre nel 2002 ha interpretato il thriller Ipotesi di reato di Roger Michell.

Nel 2007 ha ricevuto il premio di Migliore Esordio alla Regia da parte della National Board of Review per il suo film Gone Baby Gone.
L’attore si è fatto notare per la prima volta nel 1997 con l’apprezzato Good Will Hunting (Will Hunting – genio ribelle), un film da lui scritto e interpretato insieme a Matt Damon. Il duo ha vinto un Academy Award per la Migliore Sceneggiatura Originale, un Golden Globe Award e il Premio HUMANITAS.
Da quel momento Affleck è apparso in molti film, fra cui Shakespeare in Love, di John Madden (premiato con l’Oscar), Pearl Harbor di Michael Bay, Changing Lanes (Ipotesi di reato) di Roger Michell e Jersey Girl di Kevin Smith. Affleck di recente è apparso nell’elegante thriller di Joe Carnahan Smokin’ Aces e nel film apprezzato dalla critica Hollywoodland, in cui interpreta George Reeves e per il quale ha ricevuto numerosi riconoscimenti fra cui la Coppa Volpi al Festival di Cannes 2006, e una nomination al Golden Globe Award nel 2007.

Affleck di recente è apparso nel cast corale del film della Warner Bros. He’s Just Not That Into You (La verità è che non gli piaci abbastanza) e presto sarà il protagonista di Extract della Miramax, che uscirà nell’autunno del 2009. I suoi progetti imminenti comprendono The Company Men e The Town; di quest’ultimo curerà la regia.
Altri film da lui interpretati comprendono: Boiler Room (1 km da Wall Street) di Ben Younger; Dazed and Confused (La vita è un sogno) di Richard Linklater; l’adattamento cinematografico di “Daredevil” della Marvel Comics; The Sum of All Fears (Al vertice della tensione); Armageddon; e Forces of Nature (Pivouta dal cielo). Oltre ad essere un attore di grande successo, Affleck è un attivista politico, sostenitori di numerose organizzazioni a scopo benefico, fra cui ONEXONE, A-T Children’s Project, Feeding America, Jimmy Fund e ONE Campaign. Affleck avverte fortemente l’esigenza di comprendere a fondo i complessi problemi affrontati dall’Africa oggi. Nell’ultimo anno ha intrapreso quattro viaggi in numerosi paesi del continente africano, con un particolare impegno nella regione dei Grandi Laghi. Affleck ha cercato di comprendere le cause e le conseguenze del conflitto africano, e di analizzare le soluzioni africane dei problemi presenti nella regione dei Grandi Laghi e del Corno d’Africa.
Di recente Affleck ha viaggiato nella Repubblica Democratica del Congo, dove ha diretto un cortometraggio dal titolo Gimme Shelter, che denuncia la crisi degli interventi umanitari in quella zona. Insieme all’Ufficio ONU dell’Alto Commissario dei Diritti Umani, questo film fa parte di un progetto internazionale con lo scopo di aiutare le vittime della violenza.