1940, Seconda Guerra Mondiale. Salvatore Todaro è un comandante della Marina Militare con un destino inscritto nel nome, a capo del sommergibile Cappellini. Durante la sua ennesima missione avvista una nave belga che, malgrado il Belgio sia formalmente neutrale, attacca il sommergibile italiano. Il comandante e la sua squadra rispondono al fuoco e affondano la nave. Ma Todaro decide di mettere in salvo i naufraghi, agganciandoli al suo sommergibile per trascinarli verso il porto neutrale e sicuro di Santa Maria delle Azzorre.
Comandante è un film profondamente patriottico, che lavora a ridefinire il senso di una virilità consapevole e di un carattere nazionale realmente eroico.