Ha lavorato per la prima volta con il regista David Von Ancken nel suo premiato cortometraggio Bullet in the Brain, nel 2001; è stato notato soprattutto per la sua interpretazione da brivido del personaggio di Francis Dollarhyde nel film del 1986 Manhunter, diretto da Michael Mann. Mr. Noonan ha interpretato una vastissima gamma di ruoli assai anticonvenzionali nel corso dei suoi 25 anni di carriera. Ricordiamo: They're Made Out of Meat (2005), The Roost (2005), A Buck's Worth (2005), Pedalfoot (2005), Hair High (2004), Madness and Genius (2003), The Egoists (2003), Kickaround Guys (2001), The Pledge (2001), The Opportunists (2000), The Photographer (2000), The Astronaut's Wife (1999), Wang Dang (1999), Phoenix (1998), Heat (1995), What Happened Was... (1994), Last Action Hero (1993), RoboCop 2 (1990), Mystery Train (1989), Collision Course (1989), Monster Squad (1987) e F/X (1986), The Man with One Red Shoe (1985), Easy Money (1983), Eddie Macon's Run (1983), Wolfen (1981), Heavens Gate (1980) e Gloria (1980).