Ha ottenuto due nomination consecutive all'Academy Award per il suo lavoro con il regista Christopher Nolan. La prima per il film del 2005, Batman Begins, per il quale ha ricevuto dai suoi colleghi la nomination al premio dell'American Society of Cinematographers. L'anno seguente, ha ricevuto la nomination all'Oscar per il suo lavoro di cinematografia nel film The Prestige.
Precedentemente, Pfister aveva ricevuto un Independent Spirit Award per il suo lavoro nel film di Nolan, Memento, che ha costituito la loro prima collaborazione. È stato anche direttore della fotografia nel thriller di Nolan Insomnia.
Tra gli altri film in cui Pfister ha lavorato, ricordiamo: The Italian Job, con la regia di F. Gary Gray, ed i film indipendenti Slow Burn, Laurel Canyon, Scotland, PA, e The Hi-Line, per il quale ha vinto il Moxie! Award come Miglior Cineasta al Santa Monica Film Festival.
Per il piccolo schermo, Pfister è stato direttore della fotografia in vari telefilm tra cui: Sanctuary, Sharing the Secret, Breakfast with Einstein, Rhapsody in Bloom e Sketch Artist.