È stata elogiata dalla critica per la forza e la versatilità dimostrate nei diversi settori dello spettacolo (teatro, cinema e televisione): nella serie Friends, vincitrice di un Emmy, nel musical Sweet Charity, vincitore di un Tony e in Samanthachi?, che si è aggiudicato un Golden Globe.
Dopo l’apprezzamento ricevuto per l’interpretazione al fianco di Cameron Diaz e Selma Blair nella commedia La cosa più dolce, la Applegate ha ottenuto numerosi ruoli in progetti sia con le produzioni indipendenti sia con le major cinematografiche. La sua filmografia include Natale in affitto per la regia di Mike Mitchell, la commedia della DreamWorks Anchorman: La leggenda di Ron Burgundy, Wonderland per la Lionsgate, Una hostess tra le nuvole per la Miramax e Non dite a mamma che la baby sitter è morta.

Questa estate la Applegate è ancora impegnata nella produzione della commedia di successo della ABC Television Samantha chi?, che ha debuttato in prima serata nell’autunno del 2007. L’attrice torna in televisione, questa volta in veste sia di produttrice che di personaggio principale: Samantha Newly che, dopo una settimana di coma, causato da un incidente d’auto, si risveglia completamente priva di memoria. Man mano che mette insieme i pezzi della sua vita precedente e scopre il suo ‘nuovo’ io, la donna si rende conto di essere stata una persona orribile prima dell’incidente. Avendo conservato intatti solo alcuni ricordi della vita precedente, Samantha decide di reimparare e ricrearsi una nuova vita. L’interpretazione della Applegate in questo ruolo è stata apprezzata e applaudita da critica e pubblico, e le ha fatto ottenere una candidatura ai Golden Globe e ai SAG Award.Inoltre, la serie ha vinto un People’s Choice Award nella categoria ‘nuove commedie TV’ durante la prima stagione in onda.
La Applegate si è inizialmente affermata nel ruolo della sexy e sarcastica Kelly Bundy nella lunga serie della Fox Sposati... con figli. Dopo undici stagioni all’insegna del successo, ha rafforzato la sua popolarità televisiva recitando nella serie della NBC Jesse. Nel 1999 il programma le ha fatto vincere un People’s Choice Award come migliore interprete femminile in una nuova serie televisiva, e ottenere una candidatura a un Golden Globe nella categoria ‘migliore interpretazione femminile in una serie TV, commedia o musical’. 9
Nel 2004 la Applegate è tornata a lavorare in televisione, come guest star in Friends nel ruolo di Amy, sorella minore di Rachel (Jennifer Aniston). L’interpretazione le è valsa un Emmy Award nella categoria ‘migliore Guest Actress in una serie brillante’. È stata poi candidata ancora una volta a un Emmy l’anno successivo per la briosa interpretazione.
Nel 2005 la Applegate ha debuttato a Broadway nel revival di Sweet Charity, interpretando Charity Hope Valentine. Per questo ruolo la Applegate ha ricevuto una candidatura a un Tony Award per la migliore interpretazione femminile in un musical, oltre a un Drama Desk Award come migliore attrice in un musical. Sweet Charity è stato replicato fino a gennaio 2006. Sulle scene teatrali l’attrice ha partecipato all’allestimento di John Cassavetes a Los Angeles di The Third Day con Gena Rowlands, a The Axeman’s Jazz, Nobody Leaves Empty Handed, The RunThrough e TheGrassHarp.
A marzo 2005 la Applegate è apparsa nel telefilm James Patterson’s Suzanne’s Diary for Nicholas, tratto dall’omonimo romanzo bestseller (tradotto in italiano con il titolo Il diario di Suzanne: romanzo), per la regia di Richard Friedenberg.
La Applegate vive attualmente a Los Angeles