Prima di lavorare in Madagascar 2, Scott Peterson è stato il capo animatore effetti speciali di tre film del franchise Shrek - Shrek, Shrek 2 e Shrek Terzo. La sua carriera all'interno della casa di produzione cinematografica è iniziata come assistente animatore di effetti speciali per la pellicola Z la formica.
Durante gli 11 anni di attività presso la casa di produzione, Peterson ha ideato diverse soluzioni sull'utlizzo di particolari effetti speciali (alberi, piante, cascate stereoscopiche e fango) e ha rivestito un ruolo fondamentale nella realizzazione di tecniche spaziali per acconciature. Tra gli altri successi conseguiti durante la sua collaborazione con la DreamWorks ricordiamo i popolari cortometraggi animati Shrek 4D e I pinguini di Madagascar in missione Natale. Ha inoltre diretto e animato il pluripremiato corto della PDI/DreamWorks Sprout.
Prima di entrare a fare parte della società, Peterson ha lavorato presso il laboratorio multimediale della California Polytechnic State University realizzando diversi software didattici interattivi in versione CDROM. Presso la suddetta università ha anche conseguito una laurea in informatica.