Il Maggiore è un essere unico nella sua specie, il prototipo di quello che molti potrebbero diventare in futuro, e un'arma potentissima. Recuperato da un terribile incidente, il corpo biologico del Maggiore è stato sostituto con uno interamente artificiale, ma il ghost, cioè l'anima, è rimasta la sua. Da qualche parte, la parte più importante, il Maggiore è ancora umana, anche se (e proprio perché) la sua natura le pone dei dubbi che la tormentano. Li sfrutta Kuze, un misterioso terrorista, che la Section 9, capitanata dal Maggiore e gestita dalla Hanka Robotics ha l'ordine di trovare ed eliminare.

Rupert Sanders rilegge il manga di partenza in chiave più classica, guardando al recente cinema dei supereroi. Senza tradire l'immaginario del franchise.

Al cinema dal 30 marzo, Ghost in the Shell segue la saga di Major, un singolare ibrido umano-cyborg delle operazioni speciali a capo della task force d'elite Section 9, qui interpretato da Scarlett Johansson.