Prima di cimentarsi nella regia, Stefano Prolli ottiene un certo successo come scrittore di narrativa.
Collabora con la Rai realizzando materiali di inchiesta giornalistica e nel 2008 scrive la sceneggiatura del documentario "Il bravo, il buono, il cattivo", sul problema degli extracomunitari a Roma.
Nello stesso anno gira il video "Roma nun è morta", con il quale vince il Latium Report Prize per la sezione video-giornalismo.
Nel 2014 è tra i registi del film Paranormal stories con l'episodio "Fiaba di un mostro", di cui scrive anche la sceneggiatura.