Nella seconda stagione, la scuola è ricominciata. Mentre il resto dell'America è costretto ad adeguarsi al pugno di ferro di Homelander, alla Godolkin University il misterioso nuovo Rettore annuncia un programma di studi che promette di rendere gli studenti più potenti che mai. Cate e Sam vengono celebrati come eroi, mentre Marie, Jordan ed Emma tornano al college con riluttanza, segnate da mesi di traumi e perdite. Ma è difficile prestare attenzione alle feste e alle lezioni mentre è in corso la guerra tra umani e Supes, sia all'interno che all'esterno del campus. La banda viene a conoscenza di un programma segreto che risale alla fondazione della Godolkin e che potrebbe avere implicazioni più grandi di quanto si possa immaginare. E, in qualche modo, Marie ne fa parte.