Due razze aliene in guerra, gli Autobot e i Decepticon, trasferiscono il loro campo di battaglia dallo spazio sulla Terra, alla ricerca di una potentissima fonte di energia, l'Allspark.
Le prime avvisaglie dell'avvenimento si hanno quando una base militare americana in Qatar viene attaccata da uno dei Decepticon (Blackout), mimetizzato in modo da sembrare un elicottero militare statunitense, che fa strage di soldati allo scopo di penetrare la rete informatica militare e scaricare informazioni classificate. Il fatto non passa inosservato e al Pentagono un gruppo di esperti cerca di decodificare la natura dell'attacco. Intanto i superstiti dell'attacco, comandati dal Capitano Lennox, poco dopo vengono nuovamente assaliti nel deserto da Scorponok, un Decepticon che assomiglia ad uno scorpione (e che si trovava nascosto all'interno di Blackout). Alla fine la creatura viene messa in fuga con l'aiuto dell'aviazione, ma lascia dietro di sé parte della sua coda, che verrà studiata dai militari.
La scena si sposta su Sam Witwicky, uno studente di scuola superiore intento a presentare una tesina sul suo trisavolo Archibald Witwicky, un esploratore che raggiunse il Polo Nord facendo misteriose scoperte che lo resero folle. Sam riesce a strappare un buon voto al suo insegnante e a convincere così suo padre a comprargli un'auto usata; giunti alla scalcinata rivendita di Bobby Bolivia, i due acquistano una Camaro gialla del 1974. La notte però l'auto inizia a muoversi da sola e Sam crede che qualcuno la stia rubando; Sam si getta all'inseguimento dell'auto sulla sua bicicletta e fa un'incredibile scoperta: in realtà non si tratta di un'auto ma di un Autobot (Bumblebee) sotto mentite spoglie, giunto sulla Terra per proteggerla dall'attacco dei Decepticon. Bumblebee lancia un segnale agli altri Autobot nello spazio perché scendano sulla Terra e lo aiutino nella sua missione.
Nel frattempo sull'Air Force One un altro Decepticon di minuscole dimensioni, Frenzy, nascosto sotto le mentite spoglie di uno stereo, si introduce nel mainframe della rete militare USA trasferendo nel contempo un virus informatico. Scopo di questo hacking è trovare notizie sulla collocazione dell'Allspark sulla Terra, ma stavolta i tecnici del Pentagono non si fanno trovare impreparati e riescono a disattivare i server prima che Frenzy riesca a scaricare tutto. Tra i dati scaricati, però, vi sono anche informazioni sulla spedizione del capitano Witwicky e un misterioso "progetto Iceman"; per questo motivo Frenzy prima di essere interrotto invia agli altri Decepticon presenti sulla Terra e nello spazio dati relativi a Sam, che possiede un oggetto appartenuto al suo antenato molto importante per loro: i suoi occhiali. Il robottino viene scoperto, ma riesce a uccidere tre agenti dei servizi segreti e a fuggire.
Sam, assieme alla sua compagna di classe Mikaela, viene assalito da un'auto della polizia che in realtà è Barricade, un Decepticon, ma Bumblebee (sul quale, in forma di Camaro, i due stavano viaggiando) interviene e li difende. Anche Frenzy assale i due, ma viene decapitato da Mikaela; riesce comunque a trasformare la sua testa nel telefono cellulare di lei senza che nessuno se ne accorga. Più tardi, gli altri Autobot (Optimus Prime, Ratchet, Jazz e Ironhide) arrivano sulla Terra sotto forma di meteore e trasformandosi subito dopo in diversi veicoli. Essi rintracciano il loro compagno Bumblebee e spiegano a Sam che cosa stia succedendo: il suo trisavolo aveva scoperto sotto la crosta di ghiaccio del Polo un Decepticon congelato, Megatron, precipitato sulla Terra e rimasto ibernato per migliaia di anni. Witwicky riattivò involontariamente il robot e questo, con le poche funzioni attive che gli rimanevano, incise con un laser sugli occhiali dell'uomo la mappa con l'ubicazione dell'Allspark.
Passa poco tempo e Sam, Mikaela e gli Autobot vengono circondati dagli uomini del Settore 7, una segretissima agenzia governativa che si occupa dell'arrivo di alieni sul nostro pianeta. Gli uomini del Settore 7 riescono a catturare e immobilizzare Bumblebee, ma i suoi amici Autobot non intervengono per evitare di creare troppo danno agli umani (in quanto la loro coscienza gli impone di proteggerli).
Sam, Mikaela, la squadra del capitano Lennox, una degli esperti informatici del Pentagono e un hacker suo amico vengono condotti nella base del Settore 7 sotto la Hoover Dam, nella quale sono custoditi da decine di anni sia Megatron (mantenuto inattivo per mezzo della criogenia, è lui infatti il cosiddetto "progetto Iceman"), sia l'Allspark, che ha l'aspetto di un gigantesco cubo.
La testa di Frenzy riesce a scappare, rigenerarsi grazie al potere dell'Allspark e disattivare i sistemi energetici, causando lo scongelamento di Megatron. Intanto i Decepticon, informati di quanto è accaduto, sotto forma di vari veicoli raggiungono la Hoover Dam per ricongiungersi a Megatron. Sam riesce a convincere i governativi a lasciare libero Bumblebee in modo che li possa aiutare, e gli Autobot incaricano il ragazzo di custodire l'Allspark, che nel frattempo è stato ridotto a un cubo di circa 20 cm di lato.
La battaglia finale tra Autobot e Decepticon si svolge a Los Angeles; a fianco degli Autobot vi sono i soldati esperti del capitano Lennox (che si rivela un provetto motociclista per abbattere Blackout). Grazie a Optimus Prime e ai militari buona parte dei Decepticon vengono eliminati, ma fra i jet militari intervenuti in seguito alla battaglia vi è anche Starscream nella sua modalità di velivolo. In mezzo al caos e alla distruzione Sam fugge portando con sè il cubo, ma viene inseguito da Megatron in persona (che vuole ottenere il cubo per trasformare tutta la tecnologia del mondo in un esercito di Decepticons al suo servizio, come viene brevemente detto): a difendere il giovane interviene Optimus Prime e così i capi delle due fazioni di robot si preparano allo scontro finale.
Dato che nessuno dei due riesce a prevalere sull'altro, Optimus Prime decide di sacrificarsi e chiede a Sam di inserire il cubo nell'apertura presente sul suo petto in modo da farsi esplodere per distruggere così il suo nemico: Sam però inserisce il cubo nel petto di Megatron, eliminandolo.
Dato che l'Allspark è stato distrutto, e con esso la possibilità di rigenerare il loro pianeta d'origine, gli Autobot superstiti (Jazz è stato distrutto da Megatron) decidono di restare sulla Terra come guardiani dell'umanità e per rifondare qui una nuova Cybertron: scelta saggia, dato che come mostra una breve scena all'inizio dei titoli di coda Starscream è ancora vivo e potrebbe richiamare altri Decepticon da un momento all'altro.
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