Dopo gli eventi drammatici della seconda stagione, Emily Byrne (Stana Katic) trascorre gli ultimi giorni della sua sospensione dall’FBI e fa del suo meglio per essere la miglior madre possibile per Flynn. Ma il suo mondo viene stravolto quando un nuovo caso internazionale esplode vicino a loro, minacciando la famiglia che Emily cerca disperatamente di tenere insieme. Lei e l’ex marito, l’agente speciale Nick Durand (Patrick Heusinger), non hanno scelta e si trovano costretti ad intervenire, tanto che la vita di Nick sarà in pericolo.
Seguendo una scia di eventi sanguinosi, Emily corre contro il tempo per salvare Nick e finisce per scoprire una cospirazione ben più grande di quel che aveva immaginato. Di fronte alle resistenze dell’FBI alla sua richiesta di cercare Nick, decide di prendere in mano la situazione e studia un piano rischioso che la porterà a fronteggiare Colin Dawkins (Geoff Bell), l’uomo che potrà finalmente condurla all’ex marito. Con l’aiuto della sua mentore all’FBI Rowena Kincade (Josette Simon) mette in piedi un brillante stratagemma e parte con l’agente speciale Cal Isaac (Matthew Le Nevez) affrontando un pericoloso viaggio che la porterà lontana da Boston, mettendola alla prova come mai prima e costringendola a ricominciare a fidarsi degli altri, ad amare e a capire qual è davvero il suo posto nel mondo, dopo tutto ciò che ha passato.