All'interno di una simulazione realizzata perché un programma impari da se stesso, l'hacker Bugs osserva un rifacimento della fuga di Trinity dalla polizia e dagli agenti dopo una telefonata. Quindi finisce inseguita a sua volta, ma uno degli agenti è in realtà un nuovo Morpheus, programmato come tale da Thomas Anderson ma che ha assunto vita propria. Thomas è l'autore della trilogia videoludica di grande successo di "Matrix" e ora gli viene chiesto dalla compagnia per cui lavora, ossia la Warner Bros, di realizzare un nuovo capitolo e di trovare un'idea tanto buona quanto il "bullet time". Il suo solo vero interesse però è Tiffany, che vede spesso nel bar sotto l'ufficio, dove lei si serve insieme ai tre figli e al marito. Tiffany somiglia moltissimo alla Trinity del suo videogame, ma la loro sembra una storia d'amore impossibile finché... Morpheus non appare a Thomas offrendogli una pillola rossa.