Sono ormai passati due anni da quando Patrizia (Pamela Saino) non c'è più, la moglie del capitano è morta in un incidente stradale. Per fortuna che accanto a Tommasi e Cecchini c'è stato sempre don Matteo, grazie a lui sono riusciti a superare questo dolore trovando una nuova ragione di vita e quella ragione si chiama Martina (Emma Reale), la figlia che sua moglie aveva dato alla luce un anno prima e ora ha 4 anni. Si sono tutti stretti attorno alla bambina per farle sentire che la loro è una famiglia felice e unita. Con l'aiuto di Don Matteo, e nonostante le intromissioni di Cecchini, Tommasi a poco a poco è diventato il padre perfetto riuscendo a sopportare anche la difficile coabitazione con i suoceri. Oltre alla nascita di Martina la novita della nona serie è la città di Spoleto: in prima puntata troviamo il nostro prete detective a Gubbio separato dai suoi amici carabinieri che sono stati trasferiti entrambi a Spoleto. Un accorpamento di caserme deciso dall'alto: anche Cecchini e Tommasi hanno dovuto fare i conti con la spending review. Come farà il maresciallo senza Don Matteo, fedele amico e insostituibile partner nelle indagini grazie al suo acume e alla fine abilità di "scrutatore di anime"? Riusciranno a ritrovarsi malgrado tutto e continuare insieme le avventure che durano ormai da tredici anni?
