La serie di Stargate Universe sembra prendere le distanze dagli altri show della franchise sia dal punto del design che dal tipo di riprese.
Dopo la scoperta del segreto del nono chevron del Stargate, un gruppo di esploratori provenienti dalla Terra viaggia a bordo dell'astronave Destiny, senza usare un equipaggio, che era stata lanciata centinaia di anni fa dagli Antichi come esperimento. Ma la nuova ciurma, non riuscendo a controllare la navigazione, è obbligata a cambiare la missione originale. Viaggeranno nell'universo incontrando nuove razze e nemici mentre cercheranno di tornare a casa.