Le commedie che esibiscono la sua firma si distinguono per l'estrosa freschezza, nonché per quel vivace sarcasmo che fa tanto gola al giovane pubblico. Mark Waters si è guadagnato un posticino di credito ad Hollywood, facendo schizzare nell'olimpo delle stars una rossa di fuoco come Lindsay Lohan, grazie a pellicole quali Mean GirlseQuel pazzo venerdì.
Fratello dello sceneggiatore Daniel Waters, Mark cresce in una famiglia agiata nello stato del "bel fiume". Conseguita la laurea presso l'Università della Pennsylvania, il ragazzo si stabilisce a San Francisco dove frequenta i corsi dell'American Film Institute. Diplomatosi nel 1994, inizia a farsi le ossa lavorando come regista teatrale. Tre anni più tardi, esordisce dietro alla macchina da presa (adattando una pièce di Wendy MacLeod) nell'incestuosa dark-comedy La Casa del sì, la cui protagonista - Parker Posey - ottiene il premio al Sundance Film Festival, per la convincente interpretazione di una pazzoide ossessionata da Jackie Kennedy.
Accolto dalla stampa con critiche decisamente favorevoli, il lungometraggio si rivela tuttavia un flop commerciale, così come lo saranno le due produzioni successive: Top model per caso e Warning: Parental Advisory. Le cose cambieranno nel 2003, quando dirigerà la semi-esordiente Lindsay Lohan, colta da un'improvvisa mutazione che le farà acquisire le sembianze di Jamie Lee Curtis, nel frizzante remake diQuel pazzo venerdì.
Dodici mesi dopo, Waters trascina la sexy stellina tutta lentiggini nella "mediocre" giungla femminile diMean Girls: l'esplosivo teen-movie, ambientato nell'high school, viene stilato a quattro mani con Tina Frey ( già screenplayer de La Febbre del Sabato Sera). Sarà, poi, la volta dell'affiatata coppia Mark Ruffalo- Reese Witherspoon, diretta nella soprannaturale love story Se solo fosse vero. Nel 2008 ci incanta, girando Spiderwick - Le cronache: ispirato a la saga fantasy ideata da Holly Black e Tony DiTerlizzi, il film narra le vicende di tre bimbi alla scoperta di un libro magico che apre le porta su un mondo fatato. In seguito il regista si riconcede al romance, tormentando il playboy Matthew McConaughey con i fantasmi delle sue ex, in The Ghosts of Girlfriends Past. Per quanto riguarda la sfera sentimentale, Mark è sposato con l'attrice Dina Spybey.