Tommaso Agnese si laurea nel 2006 in Storia, scienze e tecniche dello spettacolo.
Nello stesso anno realizza il cortometraggio Senza sosta con Remo Remotti, vincitore del Festival Unishort e in concorso al David di Donatello 2007.
É regista di un documentario in tre episodi sulla storia del cinema Gli albori del cinema e, ancora nel 2007, scrive e dirige il cortometraggio Appena giovani, prodotto con il contributo del Ministero per i Beni Culturali e vincitore del Festival Intrernazionale di Salerno, del Capri Hollywood e distribuito da RaiCinema.
Tra il 2009 e il 2012 realizza moltissimi documentari e cortometraggi, scrive la serie tv Phantasma e approda nel 2012 alla fiction con la regia delle docufiction La vita contro e Così è la vita.
Nel 2014 è sceneggiatore del lungometraggio 2047- Sights of death, partecipa al film Paranormal stories con la regia dell' episodio 17 novembre, ed ha diretto nel 2015 il suo primo lungometraggio dal titolo Mi chiamo Maya.