John Benjamin Hickey ha iniziato la sua carriera calcando le scene teatrali newyorkesi. A Broadway ha recitato in The Crucible, Cabaret e Love! Valour! Compassion!, scelto per essere adattato al cinema e interpretato poi dallo stesso Hickey.
Ha ottenuto quindi il successo con Tempesta di ghiaccio(1997), La figlia del generale, Anniversary Party, Infamous, Flightplan, Flags of Our Fathers di Clint Eastwood e nell'horror di David L. Cunningham Il risveglio delle tenebre(2007). Nello stesso anno fa parte del cast di Transformers diretto da Michael Bay, in cui degli strani robot venuti dallo spazio sono in grado di assumere forme diverse per conquistare il pianeta Terra. Nel 2008 sarà Alan nel film diretto e interpretato da Helen Hunt e Colin Firth Quando Tutto Cambia, per poi apparire nel film di Tony Scott Pelham 1-2-3. Al fianco di Cate Blanchett e Robert Redford, nel 2016 è il protagonista del dramma biografico Truth - Il prezzo della verità.
In televisione Hickey ha recitato il ruolo di Philip Stoddard in It's All Relative e di Roger Edens in Life with Judy Garland: Me and My Shadows, ed è stato star ospite di Brothers & Sisters, Sex and the City e di diverse puntate di Law & Order. Recentemente, dal 2010 al 2013, ha recitato in The Big C per cui è stato nominato per un Emmy Award come miglior attore non protagonista in una miniserie o film per la stagione finale della serie. A partire dal 2014, Hickey interpreta Frank nella serie Manhattan, serie tv sulla storia vera del "Progetto Manhattan", un accurato piano che vide nel 1943, durante la Seconda Guerra Mondiale, il governo degli Stati Uniti finanziare una operazione segreta mirata alla produzione della prima bomba atomica.