Nato a Tivoli nel 1976, Marco Danieli dimostra fin dall'adolescenza una spiccata predisposizione verso cinema e teatro, unendosi al collettivo di sperimentazione teatrale Zona Franca. Alla fine degli anni novanta fonda con Daniele Dottorini e Lidia Cricchi l'associazione culturale Haiku, che ha come obiettivo quello di realizzare documentari e video finalizzati alla comunicazione sociale. Grazie all'associazione dirige - per Arci Ora D'Aria - Il migliore dei mondi possibili, un documentario sulla realtà penitenziaria italiana.
Dopo una lunga esperienza come filmmaker indipendente, si diploma in regia nel 2007 al Centro Sperimentale di Cinematografia di Roma. Nel 2003 ha partecipato nel ruolo d'interprete nel film Bartleby, lo scrivano, diretto da Domenico Distilo. Regista talentuoso ed eclettico, ha partecipato con i suoi cortometraggi a molti festival nazionali e internazionali, e dal 2011 è docente tutor presso il Centro Sperimentale di Cinematografia di Roma nel corso di regia diretto da Daniele Luchetti.
Nel 2016 presenta il suo primo lungometraggio, La Ragazza del mondo, alla 73 Mostra Internazionale del Cinema di Venezia - Giornate degli Autori - dove viene premiato con il premio Carlo Lizzani e il premio Brian. Successivamente il film partecipa a numerosi festival prestigiosi tra cui il BFI London Film Festival e il BIFF - Busan International Film Festival.