È figlio del celebre produttore cinematografico Alfredo Ripstein jr, motivo per cui trascorre l'infanzia e l'adolescenza a contatto con l'ambiente del cinema. Studia legge all'Università del Messico (UNAM), storia al Colegio de México e storia dell'arte all'Università Iberoamericana. Nel 1960 segue il corso "Cinquanta lezioni di Cinema" impartito presso la UNAM prima che il Centro Universitario di Studi Cinematografici (CUEC), venisse riconosciuto come prima scuola ufficiale di cinema del Messico. Nel 1962 fa da aiutante, non riconosciuto ufficialmente, a Luis Buñuel nella realizzazione di L'angelo sterminatore e di Simon del deserto. Partecipa come generico a diversi film nel periodo fra il 1960 e il 1966 (El hombre de la ametralladora, Jovenes y bellas, Dile que la quiero, Los novios de mis hijas, En este pueblo no hay ladrones, El camino de los espantos, La muerte es puntual, Los caifanes, etc.). Nel 1965, a ventun anni, debutta come regista con Tiempo de morir [Tempo di morire], insolito western "sofocliano" basato su una sceneggiatura degli scrittori Gabriel García Márquez e Carlos Fuentes. Con Felipe Cazals e Rafael Castanedo si orienta verso un cinema più sperimentale e forma il gruppo Cine Independiente de México. Da quel momento la sua carriera diviene una delle più significative e importanti del cinema messicano degli ultimi decenni, grazie alla quale ottiene molteplici premi e riconoscimenti. Sebbene alcuni suoi film siano già usciti oltre che in Spagna anche in Francia, magari solamente in circuiti alternativi, la sua definitiva consacrazione europea avviene negli anni '90, grazie ai principali festival internazionali. Nel 1991 La mujer del puerto [La donna del porto] viene presentato a Cannes nella sezione Un certain regard, nel 1993 Principio y fin [Inizio e fine] ottiene la Concha de oro a San Sebastian, nel 1994 La reina de la noche [La regina della notte] è in concorso a Cannes e due anni dopo Profundo carmesí (id.) viene proiettato a Venezia dove ottiene numerosi premi tra i quali quello della miglior sceneggiatura firmata dalla moglie Paz Alicia Garcíadiego. Le sue pellicole più recenti risultano frutto di co-produzioni internazionali tra Messico, Spagna e Francia. Le stesse società di produzione sono impegnate nella realizzazione del prossimo film, La nueva Jerusalem [La nuova Gerusalemme], la cui uscita è prevista per il 1998 e che affronterà il tema del millenarismo. Si devono includere tra i suoi lavori la realizzazione di film industriali e indipendenti di corto, medio e lungometraggio, sia documentari che di fiction; la collaborazione, in qualità di aiuto regista non ufficialmente riconosciuto nel documentario QRR (Quien resulte responsable) (1970), le sue probabili incursioni nella regia di telenovelas (Aprendamos juntos, Dulce desafio, La sonrisa del diablo), le regie teatrali (El beso de la mujer araña, La visita de la bestia) e varie serie o programmi culturali per la televisione. Ha anche tenuto corsi presso il Centro de Capacitación Cinematográfica (centro di orientamento cinematografico).
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