Joseph Fiennes è nato il 27 maggio del 1970 nel Salisbury, ma è cresciuto a West Cork in Irlanda, ultimo dei sei figli del fotografo Mark Fiennes e della scrittrice-pittrice Jennifer Lash. Tranne suo fratello gemello, tutti i suoi fratelli e sorelle lavorano in campo artistico: Ralph è un idolo dei palcoscenici londinesi e una star hollywoodiana ormai consacrata, la sorella Sophia è un'attrice e una produttrice, Martha è una regista di video musicali e pubblicitari, mentre Magnus è un compositore.

Gli esordi
Dopo aver abbandonato gli studi presso la scuola d'arte, si iscrive alla Guildhall School of Music and Drama e poco dopo inizia a collaborare con la Young Vic Youth Theatre, scuola in cui lavora fianco a fianco con Helen Mirren, vincitrice del premio Oscar per The Queen.
Ma è soprattutto grazie ad alcune intense interpretazioni rese con la Royal Shakespeare Company che Fiennes attira su di sé l'attenzione di alcuni dei più importanti registi cinematografici. Debutta sul grande schermo nel 1996 con una piccola parte nel film Io ballo da sola di Bernardo Bertolucci, pellicola delicata e toccante che ha il merito di rivelare il talento di Liv Tyler.
Il 1998 è il suo anno di grazia: pur essendo solo da due anni nel mondo del cinema, lavorò in un sol colpo in ben tre pellicole, due delle quali riceveranno la nomination all'Oscar come miglior film. Diretto dal regista indiano Shekkar Kapur, Elizabeth è ambientato nell'Inghilterra del 1554 anno in cui la giovane Elizabeth I Tudor sale al trono succedendo alla regina Maria. Una biografia decisamente sanguigna, capace di immettere nuova linfa in un genere che sembrava ormai incanalato lungo i binari dell'ovvietà. Fiennes interpreta il ruolo di Robert Dudley, conte di Leicester, l'uomo di cui la regina è innamorato e al cui amore deve dolorosamente rinunciare. Dall'Inghilterra del XVI secolo si passa a quella del XX secolo con Martha da legare. La bella e bionda Martha, scappata dagli Stati Uniti, piomba a Londra semidisperata: il destino vorrà che Daniel, giovane dirigente di una casa discografica, rimanga folgorato a tal punto da perdere la testa per lei e coinvolgere i suoi due amici del cuore, Frank e Lawrence. Tutto normale se non fosse per il fatto che anche gli amici si innamorano di Martha e che Martha ignora che i tre siano amici. Una commedia divertente e leggera, tutt'altro che pretenziosa in cui la prova di Fiennes svetta su tutte: un'ottima occasione per mostrare le sue capacità comiche in precedenza poco esplorate per via della 'seriosa' carriera teatrale.

Il teatro al cinema
Eppure sarà proprio la terza e più importante pellicola del 1998 che gli permetterà di coniugare l'ambientazione elisabettiana di Elizabeth con l'umorismo sottile e ricercato di Martha da legare: diretto da John Madden ritorna nell'Inghilterra del XVI secolo per interpretare William Shakespeare in Shakespeare in love. William Shakespeare, giovane drammaturgo in ascesa del teatro elisabettiano, si accorge che la sua vena creativa si sta esaurendo. Per quanto si sforzi, non riesce a iniziare la sua nuova e attesissima opera Romeo e Ethel, la figlia del pirata. William sente il bisogno di una musa ispiratrice e la trova in lady Viola de Lesseps, decisa a diventare attrice nonostante sia una carriera vietata alle donne. Lady Viola, tra l'altro, è promessa sposa dell'arrogante lord Vassex per volere della regina Elisabetta. Ispirandosi alla sua storia con lady Viola, Shakespeare comporrà il suo romeo e Giulietta. Madden dirige una commedia spregiudicata, colorata e arguta. Il successo della pellicola è planetario: tredici nomination all'Oscar e premio come miglior film, sceneggiatura e Oscar a Gwyneth Paltrow come miglior attrice protagonista.

Tra alti e bassi cinematografici
Dopo Shakespeare in love le proposte delle major cinematografiche fioccano ma Fiennes predilige sempre e comunque gli impegni teatrali nella 'sua' Londra, preferendo impegnarsi in produzioni cinematografiche più piccole e autoriali. Diretto da Paul Schrader (sceneggiatore di Taxi Driver) nel 1999 in Le due verità - Forever mine, thriller quasi sconosciuto in Italia in cui interpreta il doppio ruolo del finanziere Manuel Esquema e del bagnino Alan Riply. Tornerà a lavorare in Gran Bretagna fra il 2000 e il 2001 in tre pellicole non del tutto riuscite: diretto da Edward Thomas reciterà in Rancid Aluminium, vestirà poi i panni di Elijah in Dust per la regia di Milcho Manchevski, infine farà parte del cast del deludente esordio occidentale diretto da Chen Kaige, Killing me softly.
Nel frattempo nel 2000 viene diretto da Jean-Jacques Annaud nella mega-produzione Il nemico alle porte. Al fianco di attori del calibro di Jude Law, Ed Harris e Bob Hoskins, Joseph Fiennes vestirà i panni del commissario russo Danilov durante l'assedio nazista di Stalingrado del 1942. Un discreto successo di pubblico per un film decisamente poco amato dalla critica: spettacolare e coinvolgente, a tratti risente molto della scarsa capacità del regista di organizzare la caoticità della materia trattata. L'interpretazione di Fiennes non è di quelle memorabili e si inserisce all'interno di una schiera di attori che si sforzano, senza motivi apparenti, di fornire un'immagine ridicola e cialtrona dell'esercito russo.
Nel 2003 viene diretto da Eric Till in una produzione tedesca che ripercorre la vita di Martin Lutero: dalla lotta contro l'ipocrisia delle gerarchie ecclesiastiche alla pubblicazione delle novantacinque tesi contro il commercio delle indulgenze e per la riforma della Chiesa fino alla negazione dell'infallibilità del Papa. Luther è un film dotato di una strana forza e di un vigore tutto suo, con dialoghi taglienti ed efficaci e un'interpretazione straordinaria di Fiennes.
Reciterà poi l'anno successivo al fianco di Al Pacino ne Il mercante di Venezia diretto da Michael Radford, pellicola non eccelsa nobilitata dalle prove shakespeariane degli attori.

La consacrazione al cinema
Nel 2005 gira due action, un genere decisamente inusuale pensando alla sua filmografia, Man to Man e Un pugno di eroi, mentre nel 2006 inizia a dedicarsi alla pellicola diretta da Bille August Il colore della libertà. Fiennes veste i panni di James Gregory, secondino nel carcere di Robben Island nato e vissuto in Sudafrica e convinto sostenitore dell'Apartheid, che ha il compito di sorvegliare Nelson Mandela durante gli anni della sua reclusione. Il film è tratto dal romanzo dello stesso Gregory, "Goodbye Bafana: Nelson Mandela, My Prisoner, My Friend" e per Fiennes è un modo per unire il suo lavoro col suo impegno civile. Joseph Fiennes è coinvolto in numerose attività di aiuto e sostegno per le persone povere dell'Africa e di ricerca di fondi per la cura del cancro al seno (sua madre morì proprio per un tumore al seno nel 1993). Nel corso del 2003 ha intrapreso un viaggio in Angola per dare visibilità alle attività della missione Christian Aid Charity e si è anche impegnato per trovare i finanziamenti per la missione occupandosi personalmente di un reportage trasmesso in tre parti dalla BBC news. Lo stesso Fiennes ha dichiarato riguardo al personaggio che interpreta ne Il colore della libertà: "Io credo si sia creato un vero e proprio clima di sensibilizzazione relativamente al continente africano. Sull'Occidente grava una forte responsabilità dovuta all'abuso di potere da esso perpetrato nel tempo e se vogliamo comprendere l'Apartheid forse dovremmo risalire a duecento anni fa, ai tempi della schiavitù, per capire come si è arrivati a questa condizione. Credo che sia importante per l'Occidente raccontare queste storie, potendo così dare delle risposte ad alcune domande e a quelle ipocrisie che ancor oggi persistono nel mondo a livello politico, nel campo del petrolio e dei diamanti o della speculazione sui farmaci per combattere l'Aids". Fiennes mette in scena un personaggio che si trasforma, costretto a cambiare le sue convinzioni più profonde: dapprima pensa che Mandela sia il più grande terrorista africano e invece pian piano scopre la sua vera natura e i suoi veri ideali. Questa graduale presa di coscienza lo renderà una persona vulnerabile al punto di arrivare a sentirsi in qualche modo responsabile dell'omicidio del figlio dello stesso Mandela.
Nel 2016 torna al cinema con Risorto di Kevin Reynolds, nei panni di Clavio, un tribuno militare di alto rango che viene istruito da Ponzio Pilato per assicurarsi che i seguaci radicali di Gesù non rubino il suo corpo e in seguito dichiarino la sua risurrezione.