U.C. 0093 - Char Aznable, il famigerato "Red Comet" della One Year War, è tornato allo scoperto per condurre la nuova armata di Zeon e dichiarare guerra contro la Federazione Terrestre. Solo il suo grande rivale, il pilota del Gundam, Amuro Ray, può fermare il suo piano che prevede di far cadere l'asteroide Axix sulla Terra, causando un disastro globale.