È conosciuto soprattutto per il ruolo che ha ricoperto nella fortunata serie Seinfeld, Puddy, l'enigmatico ed incerto ragazzo di Elaine, che in un solo episodio la molla almeno 12 volte. I suoi lavori televisivi comprendono delle serie come Dave's World e NewsRadio, così come l'interpretazione del personaggio principale della commedia supereroistica di culto The Tick. Da tempo, presta la sua voce a Joe nella popolare serie di animazione della FOX I Griffin (Family Guy), oltre ad aver interpretato il Salvatore dell'Universo nel telefilm della Disney Buzz Lightyear of Star Command e il signor Barkin in Kim Possible del Disney Channel. Attualmente, è il protagonista della serie di successo della CBS Rules of Engagement, al fianco di David Spade e Oliver Hudson, che è tornata per la sua seconda stagione nel settembre del 2007.
Sul grande schermo, Warburton è apparso in una grande varietà di pellicole. Il suo talento comico lo ha reso molto popolare con i registi di questo tipo di film e ha prestato la sua voce a Kronk ne Le follie dell'imperatore (The Emperor's New Groove) e ad una nuova versione del lupo cattivo in Cappuccetto rosso e gli insoliti sospetti (Hoodwinked). Recentemente, ha doppiato uno dei protagonisti della pellicola d'animazione Bee Movie, in cui interpreta il ragazzo di Renée Zellweger, che in realtà cerca di conquistare il cuore di Jerry Seinfeld. Per quanto riguarda i film live-action, è passato dai blockbuster alle commedie indipendenti e ai drammi, avendo lavorato a Men in Black II, The Dish, Joe Somebody, Angels (Angels in the Infield), Big trouble -Una valigia piena di guai (Big Trouble) e The Woman Chaser. E' anche il protagonista del giallo comico sulla caccia ad un presunto alieno che vive in una cittadina, I'll Believe You, uscito nel settembre del 2007. Parteciperà ai due film di Seth MacFarlane Ted e Ted 2 e a Comic Movie.