Nato a Los Angeles, in California, Ed Begley Jr. è un figlio d'arte. I suoi genitori sono, infatti, gli attori Allene Jeanne Sanders ed Ed Begley. Cresciuto a Merrick, vicino a Long Island, viene spedito dal padre alla Stella Niagara Education Park Cadet School di Lewiston di New York. Nel 1962, tutta la famiglia si sposta poi in California, dove Ed Begley Jr. completa la sua istruzione alla Notre Dame High School e alla Los Angeles Valley College. Ovviamente, segue le orme di famiglia e comincia anche lui a recitare, inizialmente in radio, all'interno della soap opera "Milford Haven", all'interno della quale conosce la sua prima fidanzata, l'attrice Mara Purl. Ma non si accontenta del lavoro di attore e prova anche la carriera di comico accanto all'attore Michael Richards e di cameraman in alcuni spot commerciali. Spinto dalle amicizie paterne, riesce a trovare qualche particina in telefilm come Io e i miei tre figli (1967) di Frederick De Cordova con Fred MacMurray e nel cortometraggio macabro The Lottery (1969) di Larry Yust.

Gli esordi
È la Disney a puntare per prima gli occhi su di lui facendolo lavorare accanto a Kurt Russell nei film diretti da Robert Butler. Ne è un esempio Il computer con le scarpe da tennis (1969), nel quale interpreta uno studente. Ma la gavetta, per questo altissimo e biondissimo attore, è lunghissima e passa per i set televisivi di telefilm come: L'immortale (1970); F.B.I. (1971); Difesa a oltranza (1971); Mannix (1972); The Doris Day Show (1972) con Doris Day; Aspettando il ritorno di papà (1972); Ironside (1972); Maude (1972); Love, American Style (1973); Happy Days (1974); Baretta (1975); Medical Center (1975); Starsky & Hutch (1976); Colombo (1978); Wonder Woman (1978); MASH (1979); Charlie's Angels (1979) e Laverne & Shirley (1979). Da sottolineare anche il ruolo di DJ Fontana nel film tv Elvis (1979), dove Begley è diretto da un regista d'eccezione: John Carpenter.

I matrimoni
Gli anni Settanta sono anche gli anni del suo primo matrimonio, quello con il produttore assistito Ingrid Taylor che gli daranno due figli Amanda e Nicholas Taylor. Disgraziatamente, la coppia divorzierà nel 1989 e Begley si sposerà con l'attrice Rachelle Carson a Las Vegas, bissando il suo ruolo di padre con Marc e Hayden Begley.

La filmografia
Ambientalista convinto e vegetariano (è produttore di un detersivo biologicamente compatibile di nome "Begley's Best"), lavora ancora con Fred MacMurray in Charlie e l'angelo (1973), ma anche con Dean Martin in A viso aperto (1973). Ma della sua filmografia fanno parte anche titoli come Un autentico campione - Il gigante della strada (1976) di Bob Rafelson, Chroma Angel chiama Mandrake (1977) di Jonathan Demme, Blue Collar (1978) di Paul Schrader e Verso il sud (1978) con Jack Nicholson.

Il successo di A cuore aperto
Dopo alcune apparizioni in Fantasilandia (1978-1981), Quincy (1977-1981) e Barnaby Jones (1980), diventa celebre con il ruolo del Dr. Victor Ehrlich nel telefilm ospedaliero A cuore aperto (1982-1988) con Denzel Washington, David Morse e Mark Harmon. Lo si vedrà molto spesso sul piccolo schermo, da Love Boat (1984) a Faerie tale theatre (1987) diretto da Francis Ford Coppola, da Fra nonni e nipoti (1990) al cortometraggio con Sean Penn Cruise Control (1992), passando per Pappa e ciccia (1993), Winnetka Road (1994), il film tv con Michael Caine World War II - When Lions Roared (1994) e Settimo cielo (1999-2003).

Membro dell'Academy
Doppiatore dei cartoni animati di Scooby-Doo e i Puffi, diventa membro del Collegio dei Governatori dell'Academy of Motion Picture Arts and Sciences, accanto a personalità come Michael Apted, Kathy Bates, Tom Hanks, Curtis Hanson, John Lasseter, Michael Mann e Alexander Payne. In effetti, nonostante Ed Begley Jr. non sia mai stato molto sotto la luce dei riflettori, ha lavorato con gli attori più importanti al mondo: Jack Lemmon, Walter Matthau e Klaus Kinski in Buddy Buddy (1981) di Billy Wilder; Nastassja Kinski nello splendidamente erotico Il bacio della pantera (1982) e in Diario di un'ossessione intima (2001); Goldie Hawn in Protocol (1984); William Hurt e Kathleen Turner in Turista per caso (1988); Meryl Streep in She-Devil - Lei, il diavolo (1994); Kirk Douglas ne Caro zio Joe (1994), Danny DeVito ne Mezzo professore tra i marines (1994), Nicole Kidman e Jim Carrey ne Batman Forever (1995) e Woody Allen ne Basta che funzioni (2009). Ma si è anche divertito in film più leggeri come Strafumati (2009) di David Gordon Green e Sexlist, con Anna Faris e Chris Evans.