Esordisce cinematograficamente nel film di Stefano Incerti Prima del tramonto (1999) con Saïd Taghmaoui, Vincenzo Peluso, Ninni Bruschetta, Antonella Attili e Donato Placido. Storia di un marocchino che fugge con la figlia di un gangster, nel quale ha una piccola parte.

Ma esplode di fronte al pubblico nel ruolo del solerte poliziotto Fazio del telefilm poliziesco Il commissario Montalbano (1999-2008) accanto a Luca Zingaretti, Davide Lo Verde, Angelo Russo, Cesare Bocci, Roberto Nobile, Marcello Perracchio, Giovanni Guardiano, Katharina Böhm e Marco Cavallaro.
Prende poi parte alle pellicole Domenica (2001), Il pugile e la ballerina (2006) e La velocità della luce (2008), alla fiction agiografica Sant'Antonio di Padova (2002) e i telefilm R.I.S. - Delitti imperfetti (2007), Il capitano (2007), Per una notte d'amore (2008) di Vittorio Sindoni con Sueli Odila Ferriera.
È inoltre fondatore della compagnia teatrale "Rossotiziano", assieme a Francesco Saponaro, Alfonso Postiglione e Antonio Martella, e della compagnia "Teatri del Sud" con il drammaturgo e sceneggiatore Francesco Suriano.

Peppino Mazzotta inizia la carriera come attore teatrale, in seguito recita in televisione ne “Il commissario Montalbano”, “Paolo Borsellino”, “R.I.S.-Delitti imperfetti” e “Distretto di Polizia 5”. Per il cinema Peppino Mazzotta predilige pellicole impegnate o d’autore, tra i suoi titoli ricordiamo: “Certi bambini”, “Prima del tramonto”, “Domenica” e “La velocità della luce”.