Sinossi
Berlino, anni quaranta. Bruno, otto anni, torna dai giochi con gli amici di scuola per trovare la sua casa in preda a un gran fermento. Il padre, un ufficiale nazista, è appena stato promosso, così la madre sta progettando una festa. Bruno non vede ragioni di celebrare, perché il nuovo incarico del padre è situato fuori Berlino e l'intera famiglia dovrà trasferirsi in campagna, obbligandolo a lasciare la casa e gli amici che adora. Le sue paure di ritrovarsi solo vengono confermate quando la famiglia arriva in questa inquietante e isolata abitazione.
Bruno trova difficile calarsi in questa nuova vita e inizia presto ad annoiarsi. Non ci sono altri ragazzi con cui giocare e la madre gli proibisce di esplorare le zone dietro alla casa. La sorella maggiore Gretel non ha più interesse a comunicare con lui, essendo troppo impegnata a gestire le sue bambole o a parlare con uno degli uomini del padre, il giovane tenente Kotler, affascinante e minaccioso. Bruno è incuriosito dall'esistenza di una strana fattoria che si può vedere dalla finestra della sua stanza, in cui tutti i residenti sembrano indossare un pigiama a strisce. Quando cerca di saperne di più sulla 'fattoria', gli viene detto che non sono affari suoi e che non deve avvicinarsi. Noi sappiamo quello che Bruno ignora, ossia che la 'fattoria' è in realtà un campo di sterminio. Anche sua madre non conosce la verità, perché crede che loro stiano vivendo accanto ad un campo di internamento o di lavoro. Infatti, suo marito ha giurato di non rivelare mai i veri scopi del luogo, che è una fabbrica della morte ideata per attuare la 'Soluzione finale', l'eliminazione sistematica degli ebrei.
Bruno fa amicizia con un addetto alle cucine chiamato Pavel, un uomo pieno di acciacchi e che si muove con difficoltà, indossando un pigiama a strisce sotto il grembiule. Quando Bruno cade da un'altalena in giardino e si taglia il ginocchio mentre la madre non c'è, è Pavel che si prende cura di lui e che si occupa della ferita. Pavel dice a Bruno che un tempo faceva pratica come dottore e sorride quando il ragazzo gli risponde che non doveva essere molto bravo se aveva bisogno di fare pratica.
Dopo settimane in cui gira intorno alla casa, Bruno ad un certo punto sfida l'autorità materna e si dirige di nascosto nel giardino in cerca di avventura. Vagando nei boschi, arriva a un recinto col filo spinato. Dalla parte opposta, un ragazzino col pigiama a strisce sta svuotando dei detriti da una carriola. Eccitato per aver finalmente trovato qualcuno della sua età con cui giocare, Bruno inizia a visitare quotidianamente il suo nuovo amico Shmuel, mantenendo comunque il segreto su questi incontri con i genitori e la sorella.
Nel corso delle settimane successive, Bruno ha sempre maggiori problemi con quello che vede e sente a casa, così come con quello che apprende nella sua vita segreta con Shmuel. Mentre il suo tutore gli racconta che tutti gli ebrei sono malvagi, il suo legame con Shmuel diventa più forte. Inoltre, è testimone del pestaggio brutale di Pavel, l'aiutante alle cucine, per mano dell'irascibile tenente Kotler. Intanto, sua madre ha iniziato ad aprire gli occhi dopo una barzelletta ripugnante fatta dal giovane tenente, che involontariamente rivela la vera causa del fumo proveniente dalle ciminiere del campo. Bruno è anche infastidito dai cambiamenti di sua sorella, che, indottrinata dalle lezioni del loro tutore e dalla sua infatuazione per il tenente Kotler, ha iniziato a riempire le pareti della sua stanza con della propaganda nazista. L'atmosfera familiare peggiora sempre di più e anche a causa delle storie che Shmuel gli racconta, Bruno teme che stia avvenendo qualcosa di inquietante dall'altra parte del recinto. Forse, suo padre non è veramente un uomo buono come lui ha sempre ritenuto.
Un giorno, Bruno rimane stupito di trovare Shmuel che pulisce la cristalleria della casa e gli offre un pezzo di torta, ma i due vengono sorpresi insieme dal tenente Kotler, che accusa Shmuel di aver rubato del cibo. Invece di difendere il suo piccolo amico dal soldato che lo tormenta, Bruno racconta al tenente Kotler di non aver mai visto prima Shmuel. In seguito, pieno di rimorsi, Bruno va ripetutamente al recinto per scusarsi col suo amico, ma il ragazzo col pigiama a strisce non c'è mai. Quando alla fine Shmuel ritorna, il suo volto mostra una brutta ferita per un pugno del tenente Kotler, cosa della quale Bruno si vergogna profondamente. Tuttavia, Shmuel lo perdona e la loro amicizia può riprendere.
Nel frattempo, il rapporto tra i genitori di Bruno è diventato molto teso, tanto che suo padre decide di mandare la famiglia da una zia a Heidelberg. Il trasferimento, che Bruno desiderava ardentemente quando è arrivato, rappresenta ora un brutto colpo, perché significa che verrà separato dal suo nuovo migliore amico.
In uno dei loro ultimi incontri, Bruno apprende che il padre di Shmuel manca da tre giorni. Bruno promette di aiutare l'amico a cercare il genitore, vedendola come un'opportunità di farsi perdonare il suo vergognoso tradimento precedente. Il giorno in cui la famiglia dovrebbe trasferirsi a Heigelberg, Bruno di nascosto si reca ad incontrare Shmuel, armato di una pala e pronto ad imbarcarsi in un'ultima avventura. Ma una volta che è arrivato dall'altra parte, Bruno viene rapidamente catturato da un meccanismo mostruoso, che segna il suo destino assieme all'amico e a un numero infinito di altri innocenti che si trovano all'interno del recinto.