È un coordinatore delle controfigure di lotta e un esperto di arti marziali sia per il cinema sia per la televisione. Tra i suoi lavori figurano molti dei più interessanti film d'azione degli ultimi tempi, per citarne alcuni 300, Pirati dei Caraibi: Ai confini del mondo, Shooter e Collateral. È stato l'assistente del coordinatore di lotta nel recentissimo campione d'incassi The Bourne Ultimatum, uno degli stuntmen in The Bourne Supremacy e l'esperto di arti marziali nel primo film della trilogia The Bourne Identity.
Eusebio ha studiato presso la rinomata Inosanto Academy, affinando le sue abilità in una vasta gamma di discipline, comprese l'arte delle armi, l'arte della spada, kali, le arti marziali filippine, il Jiu Jitsu Brasiliano, la boxe, il wrestling, judo, kick boxing e tante altre.
Attraverso la sua formazione ed esperienza davanti e dietro la macchina da presa, Eusebio è oramai un esperto su come riuscire a migliorare le prestazioni richieste nei film pur mantenendo l'integrità della storia.
Tra i suoi altri crediti cinematografici ricordiamo Memorie di una Geisha, Il Gatto... e il cappello matto, La leggenda degli uomini straordinari, Austin Powers in Goldmember e Blade II.
Jonathan Eusebio è tra l'altro un membro di 87Eleven, una compagnia che presta ogni genere di servizi per i film d'azione.