Ha montato tutti gli altri film della serie di Indiana Jones.
Kahn ha vinto tre Oscar per il Migliore Montaggio per il suo lavoro nei film diretti da Steven Spielberg. Ha vinto il suo primo Oscar nel 1982 per il blockbuster Raiders of the Lost Ark (I predatori dell'arca perduta) ed è stato onorato dai suoi colleghi con un Eddie Award da parte degli American Cinema Editors. Nel 1994 ha ricevuto il suo secondo Oscar per Schindler's List, per cui ha vinto anche un BAFTA Award. Il suo Oscar più recente lo ha ricevuto per il suo lavoro nel film di Spielberg Saving Private Ryan (Salvate il soldato Ryan) che gli è valso anche un altro Eddie Award.
Inoltre Kahn ha ottenuto nomination all'Oscar per il suo lavoro in Empire of the Sun (L'impero del sole) e Close Encounters of the Third Kind (Incontro ravvicinati del terzo tipo) di Spielberg, nonché per Fatal Attraction (Attrazione fatale) di Adrian Lyne che gli ha aggiudicato un BAFTA Award.
Kahn ha montato quasi tutti i film di Steven Spielberg: Munich, War of the Worlds (La guerra dei mondi) , Catch Me If You Can (Prova a prendermi), Minority Report, The Terminal, e, andando indietro nel tempo: A.I.: Artificial Intelligence, (Intelligenza artificiale) Amistad, Jurassic Park, The Lost World: Jurassic Park (Il mondo perduto), Hook, Always, 1941 e The Color Purple (Il colore viola).
Ha inoltre montato numerosi film per altri registi, fra cui The Haunting, Twister, Casper, Alive, Arachnophobia, The Goonies, Poltergeist, The Eyes of Laura Mars (Gli occhi di Laura Mars) e Lemony Snicket's A Series of Unfortunate Events.
Membro degli American Cinema Editors, Kahn ha esordito in televisione, montando film quali Hogan's Heroes ed Eleanor and Franklin, che gli ha meritato un Emmy.
Michael Kahn di recente ha montato The Spiderwick Chronicles (Spiderwick) di Mark Waters.