Marco Speroni inizia la carriera artistica come pittore per poi realizzare numerosi documentari artistici e culturali con la sua società di produzioni "Officinema" di Parma. Nel 1995 ha diretto il cortometraggio Un pomeriggio d'aprile con Lorenza Indovina e Luigi di Fiore. Il corto è presentato al Festival di Venezia e al Torino Film Festival.
Trasferitosi a Roma, nel 1996 vince il Premio Solinas per la miglior sceneggiatura scritta insieme a Ivan Cotroneo, da cui realizza il film Cosa c'entra con l'amore con Stefania Orsola Garello, Giovanni Guidelli, Neri Marcorè, Cesare Bocci. Il film viene presentato in molti Festival Internazionali tra cui il Festival di Locarno (1997).
Dal 2000 inizia una lunga collaborazione con RaiUno e Sky Italia per una serie di programmi televisivi. Nel 2011 realizza la docufiction In Hell's Heart, girato in zona di guerra in Congo. Il film esplora conflitti e contraddizioni delle organizzazioni umanitarie attraverso le riflessioni di un medico impegnato in un ospedale del Kivu, la più tormentata regione del Congo. Nel 2014 realizza il documentario Adolescents migrants in Bangladesh and Ethiopia. Il film segue le vicende di alcune ragazze in fuga dalla povertà e dagli abusi subiti nei villaggi dei due paesi per finire nell'inferno di megalopoli quali Dacca e Addis Abeba.
Dall'esperienza in Bangladesh e Etiopia nel 2016 realizza 2 Girls, documentario presentato e multi-premiato in numerosi Festival Internazionali. Nel 2018 realizza il documentario Outside. Il film racconta le storie di quattro ex detenuti condannati a morte ingiustamente in USA, Uganda e Irlanda e rilasciati dopo anni di detenzione nel braccio della morte perché riconosciuti innocenti.
Nel 2020 ha diretto il documentario Genova San Giorgio, Ponte Italiano con la presenza di Giancarlo Giannini.
Nel 2021 realizza il documentario A Declaration Of Love, in cui racconta, in modo singolare e visionario, la storia e le emozioni più profonde di Curtis McCarty, un uomo che ha trascorso 22 anni nel braccio della morte nell'Oklahoma State Penitentiary per un crimine che non aveva commesso (Cinquina dei Nastri D'Argento DOC: Cinema del reale 2022).
Nel 2022 realizza il documentario Senza rete, in cui esplora l'argomento del ciber-bullismo tra i minorenni.